应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问如何构建一个均匀的混合溶剂盒子？
51/1返回列表
查看: 1539  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] 请问如何构建一个均匀的混合溶剂盒子？

我用的是amber，我想做一个均匀的混合溶剂盒子，然后把蛋白质放进去，请问混合溶剂盒子如何做？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-12 11:14:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lingogo: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2013-04-15 09:43:40
你先把两种溶剂放在一个盒子里面，可以用NPT模拟，平衡之后，把蛋白放进去，与蛋白重叠的溶剂直接删除，再慢慢做限制模拟。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

lingogo
下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
4楼2013-04-13 10:35:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-12 19:27:09
混合溶剂是平衡模拟出来的。
赞一下 回复此楼
下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
2楼2013-04-12 16:43:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by childsliu at 2013-04-12 16:43:37
混合溶剂是平衡模拟出来的。

那请问运用nvt,还是nvp还是其他系宗?还有要把蛋白质放进去的时候,重叠的分子原子要怎么处理?
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-13 09:20:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingogo

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by childsliu at 2013-04-13 10:35:32
你先把两种溶剂放在一个盒子里面，可以用NPT模拟，平衡之后，把蛋白放进去，与蛋白重叠的溶剂直接删除，再慢慢做限制模拟。

不好意思还有一个问题,就是怎么确定哪些是重叠的原子,用什么软件或者命令删除?
赞一下 回复此楼
5楼2013-04-13 15:43:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭