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lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] 请问如何构建一个均匀的混合溶剂盒子?

我用的是amber,我想做一个均匀的混合溶剂盒子,然后把蛋白质放进去,请问混合溶剂盒子如何做?
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

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lingogo: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2013-04-15 09:43:40
你先把两种溶剂放在一个盒子里面,可以用NPT模拟,平衡之后,把蛋白放进去,与蛋白重叠的溶剂直接删除,再慢慢做限制模拟。

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下苦功,三个字,一个叫下,一个叫苦,一个叫功,一定要振作精神,下苦功。
4楼2013-04-13 10:35:32
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-12 19:27:09
混合溶剂是平衡模拟出来的。
下苦功,三个字,一个叫下,一个叫苦,一个叫功,一定要振作精神,下苦功。
2楼2013-04-12 16:43:37
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lingogo

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by childsliu at 2013-04-12 16:43:37
混合溶剂是平衡模拟出来的。

那请问运用nvt,还是nvp还是其他系宗?还有要把蛋白质放进去的时候,重叠的分子原子要怎么处理?
3楼2013-04-13 09:20:48
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lingogo

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by childsliu at 2013-04-13 10:35:32
你先把两种溶剂放在一个盒子里面,可以用NPT模拟,平衡之后,把蛋白放进去,与蛋白重叠的溶剂直接删除,再慢慢做限制模拟。

不好意思还有一个问题,就是怎么确定哪些是重叠的原子,用什么软件或者命令删除?
5楼2013-04-13 15:43:25
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