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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问如何构建一个均匀的混合溶剂盒子？
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lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] 请问如何构建一个均匀的混合溶剂盒子？

我用的是amber，我想做一个均匀的混合溶剂盒子，然后把蛋白质放进去，请问混合溶剂盒子如何做？
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1楼 2013-04-12 11:14:40
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childsliu

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二当家的

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-12 19:27:09
混合溶剂是平衡模拟出来的。
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
2楼2013-04-12 16:43:37
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lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by childsliu at 2013-04-12 16:43:37
混合溶剂是平衡模拟出来的。

那请问运用nvt,还是nvp还是其他系宗?还有要把蛋白质放进去的时候,重叠的分子原子要怎么处理?
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3楼2013-04-13 09:20:48
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childsliu

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二当家的

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lingogo: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2013-04-15 09:43:40
你先把两种溶剂放在一个盒子里面，可以用NPT模拟，平衡之后，把蛋白放进去，与蛋白重叠的溶剂直接删除，再慢慢做限制模拟。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

lingogo
下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
4楼2013-04-13 10:35:32
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lingogo

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by childsliu at 2013-04-13 10:35:32
你先把两种溶剂放在一个盒子里面，可以用NPT模拟，平衡之后，把蛋白放进去，与蛋白重叠的溶剂直接删除，再慢慢做限制模拟。

不好意思还有一个问题,就是怎么确定哪些是重叠的原子,用什么软件或者命令删除?
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5楼2013-04-13 15:43:25
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childsliu

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二当家的
引用回帖:
5楼: Originally posted by lingogo at 2013-04-13 15:43:25
不好意思还有一个问题,就是怎么确定哪些是重叠的原子,用什么软件或者命令删除?...

用vmd比较方便，用tcl语言选中距蛋白质2.4唉之内的所有溶剂（可以查下within的用法），再选择剩下的溶剂和蛋白质保存坐标文件。
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
6楼2013-04-13 19:15:28
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lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by childsliu at 2013-04-13 19:15:28
用vmd比较方便，用tcl语言选中距蛋白质2.4唉之内的所有溶剂（可以查下within的用法），再选择剩下的溶剂和蛋白质保存坐标文件。...

哦,谢谢了你了~~请问这个2.4埃的说法有什么依据吗?
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7楼2013-04-15 09:44:43
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的
引用回帖:
7楼: Originally posted by lingogo at 2013-04-15 09:44:43
哦,谢谢了你了~~请问这个2.4埃的说法有什么依据吗?...

应该是和范德华半径有关的，一般水分子都用这个大小。
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
8楼2013-04-15 09:54:59
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