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在用autodock做对接准备完大分子的时候writePDB的时候弹错
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如图 今天在学习使用autodock 小分子准备完毕 导入蛋白质分子 在sybyl中加的H，然后在autodock中 没法选中水分子 没法删 我就跳过了这步 直接write PDB时出现错误了。请教为何？ 总麻烦大家真不好意思，，。， 未命名.jpg 因为里面有小分子 我就把它删除了 因为成了共价键 用autodock补氢加不上去 于是拿到sybyl中加了H 再拿回来就无法在Select From String这步中选中HOH*也就删不掉水分子 于是我跳了过去 直接保存 于是弹出了如图错误。。 [ Last edited by 高興丶 on 2013-4-8 at 14:26 ] |
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 Autodock |
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2楼2013-04-08 22:39:31
可以考虑用pymol处理蛋白大分子，包括删除水分子，晶体结构中的配体结构，删除多余的蛋白亚基。。。 3楼2013-04-13 09:40:45
sduzqk
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