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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 在用autodock做对接准备完大分子的时候writePDB的时候弹错
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高興丶

铁虫 (初入文坛)

[求助] 在用autodock做对接准备完大分子的时候writePDB的时候弹错

如图 今天在学习使用autodock 小分子准备完毕 导入蛋白质分子 在sybyl中加的H，然后在autodock中 没法选中水分子 没法删 我就跳过了这步 直接write PDB时出现错误了。请教为何？ 总麻烦大家真不好意思，，。，

未命名.jpg
因为里面有小分子 我就把它删除了 因为成了共价键 用autodock补氢加不上去 于是拿到sybyl中加了H 再拿回来就无法在Select From String这步中选中HOH*也就删不掉水分子 于是我跳了过去 直接保存 于是弹出了如图错误。。

[ Last edited by 高興丶 on 2013-4-8 at 14:26 ]
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1楼 2013-04-08 14:23:12
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jiangdafa

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
觉得是蛋白质处理问题，首先删除水可以直接文本打开，删除带有HEATM那些行，同时小分子也在这里面。。然后再用其他软件加氢
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2楼2013-04-08 22:39:31
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)
可以考虑用pymol处理蛋白大分子，包括删除水分子，晶体结构中的配体结构，删除多余的蛋白亚基。。。
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3楼2013-04-13 09:40:45
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sduzqk

银虫 (初入文坛)
你好，你这个问题怎么解决的，我也遇到了同样的问题
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4楼2017-08-25 00:55:41
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