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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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sss0234

木虫 (小有名气)

[求助] 求解释几个A类错误

这是第一个晶体
PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X       H1WA   ..  H18A    ..       1.85 Ang.
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D       H1WB   ..  H2WA    ..       1.42 Ang.
这是第二个晶体
PLAT213_ALERT_2_A Atom N1              has ADP max/min Ratio .....        8.5 oblat
这是第三个晶体
PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .     407 A**3
主要是怎么解释。各位大神偶是菜鸟,O(∩_∩)O谢谢
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fmopily

铁杆木虫 (正式写手)


lijunjie84: 金币+1, 辛苦了! 2013-03-29 14:50:26
lijunjie84: 回帖置顶 2013-03-29 14:50:29
引用回帖:
3楼: Originally posted by fmopily at 2013-03-29 10:19:09
第一个是氧原子上的H加的不对,删了在加,直至没有错误
第二个是 Atom N1 非正定
第三个应该没关系

非正定的解决办法
很多情况是因为数据收集不够造成的。如果原子的归属没有问题,可以用ISOR将这个原子各向同性处理。另外还可以使用EADP,它是强制性的给这个原子指定一个较好的温度因子。但是用EADP可能会造成R因子的变化较大。如果你的结构本身R因子很低,可以用EADP,要不就用ISOR。
一般要注意一下几点:
首先看看是不是对称性定低了. 必要时用PLATON检查
然后看看是不是有坏点. 有时侯, 有些明显的坏点删除了就好了.
再看看模型有没有问题
还有吸收校正是不是没做好?
强点是不是太少.
实在找不出改进的办法了,
再用isor等restraints
5楼2013-03-29 14:46:15
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sss0234

木虫 (小有名气)

这是不同的三个单晶,谢谢了各位大神
2楼2013-03-29 10:09:02
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fmopily

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
sss0234: 金币+300, ★★★很有帮助, 100 2013-03-29 12:02:18
第一个是氧原子上的H加的不对,删了在加,直至没有错误
第二个是 Atom N1 非正定
第三个应该没关系
3楼2013-03-29 10:19:09
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sss0234

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fmopily at 2013-03-29 10:19:09
第一个是氧原子上的H加的不对,删了在加,直至没有错误
第二个是 Atom N1 非正定
第三个应该没关系

第二个解释非正定就行了吗?第三个不解释也行?是这个意思吗?大神
4楼2013-03-29 12:03:35
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