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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP优后可以提取中间某一步的几何构型吗？？？
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huangpu2009

铁虫 (小有名气)

[交流] VASP优后可以提取中间某一步的几何构型吗？？？ 已有2人参与

用vasp做优化时，想把中间某一步的几何构型给提取出来，进行下一步的优化，请问下，vasp里有像MS里那样的轨迹文件输出吗？可以知道每一步优化后的结构。
谢谢~~~
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1楼 2013-03-22 18:33:56
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黄花兽

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
可以，有个脚本专门做这个的，好像叫什么POSCAR
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2楼2013-03-22 21:13:34
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vasp001

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
XDATCAR , 用VAMD ，可以直接看优化过程中的构型变化吧。
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一定要精通MaterialsStudios,VASP.
3楼2013-03-22 21:31:09
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huangpu2009

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by vasp001 at 2013-03-22 21:31:09
XDATCAR , 用VAMD ，可以直接看优化过程中的构型变化吧。

谢谢，那个VAMD看构型变化，可以和能量对应起来吗，我想把能量最低的构型提取出来。
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4楼2013-03-22 21:37:26
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huangpu2009

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 黄花兽 at 2013-03-22 21:13:34
可以，有个脚本专门做这个的，好像叫什么POSCAR

有个程序，叫xdat2xyz.pl，可以提取出来，生成的是.xyz文件，有什么方法可以找出能量最小的那个结构吗？要一个一个对比么。。。
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5楼2013-03-22 21:44:07
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vasp001

金虫 (正式写手)
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5楼: Originally posted by huangpu2009 at 2013-03-22 21:44:07
有个程序，叫xdat2xyz.pl，可以提取出来，生成的是.xyz文件，有什么方法可以找出能量最小的那个结构吗？要一个一个对比么。。。...

可以写个脚本吧。直接读出没个构型的能量值，做出曲线。然后，找到能量最低的构型对应的分子动力学模拟的步数。在返回VAMD ，查看其对应 的构型吧。
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一定要精通MaterialsStudios,VASP.
6楼2013-03-23 12:09:51
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huangpu2009

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by vasp001 at 2013-03-23 12:09:51
可以写个脚本吧。直接读出没个构型的能量值，做出曲线。然后，找到能量最低的构型对应的分子动力学模拟的步数。在返回VAMD ，查看其对应 的构型吧。...

好像确实可以，把每个能量值提出出来比较大小，再把最小的那个 能量值后面的N行坐标数据导出来。
额。。。不咋会用Fortran。。。
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7楼2013-03-23 14:02:23
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vasp001

金虫 (正式写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by huangpu2009 at 2013-03-23 14:02:23
好像确实可以，把每个能量值提出出来比较大小，再把最小的那个 能量值后面的N行坐标数据导出来。
额。。。不咋会用Fortran。。。...

使用 grep ，建议 百度 一下 grep 啊。
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一定要精通MaterialsStudios,VASP.
8楼2013-03-23 19:50:47
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huangpu2009

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by vasp001 at 2013-03-23 19:50:47
使用 grep ，建议 百度 一下 grep 啊。...

谢谢，明白了。
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9楼2013-03-24 09:41:54
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