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huangpu2009

铁虫 (小有名气)

[交流] VASP优后可以提取中间某一步的几何构型吗??? 已有2人参与

用vasp做优化时,想把中间某一步的几何构型给提取出来,进行下一步的优化,请问下,vasp里有像MS里那样的轨迹文件输出吗?可以知道每一步优化后的结构。
谢谢~~~
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黄花兽

银虫 (小有名气)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
可以,有个脚本专门做这个的,好像叫什么POSCAR
2楼2013-03-22 21:13:34
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vasp001

金虫 (正式写手)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
XDATCAR , 用VAMD ,可以直接看优化过程中的构型变化吧。
一定要精通MaterialsStudios,VASP.
3楼2013-03-22 21:31:09
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huangpu2009

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by vasp001 at 2013-03-22 21:31:09
XDATCAR , 用VAMD ,可以直接看优化过程中的构型变化吧。

谢谢,那个VAMD看构型变化,可以和能量对应起来吗,我想把能量最低的构型提取出来。
4楼2013-03-22 21:37:26
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huangpu2009

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 黄花兽 at 2013-03-22 21:13:34
可以,有个脚本专门做这个的,好像叫什么POSCAR

有个程序,叫xdat2xyz.pl,可以提取出来,生成的是.xyz文件,有什么方法可以找出能量最小的那个结构吗?要一个一个对比么。。。
5楼2013-03-22 21:44:07
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vasp001

金虫 (正式写手)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by huangpu2009 at 2013-03-22 21:44:07
有个程序,叫xdat2xyz.pl,可以提取出来,生成的是.xyz文件,有什么方法可以找出能量最小的那个结构吗?要一个一个对比么。。。...

可以写个脚本吧。直接读出没个构型的能量值,做出曲线。然后,找到能量最低的构型对应的分子动力学模拟的步数。在返回VAMD ,查看其对应 的构型吧。
一定要精通MaterialsStudios,VASP.
6楼2013-03-23 12:09:51
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huangpu2009

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by vasp001 at 2013-03-23 12:09:51
可以写个脚本吧。直接读出没个构型的能量值,做出曲线。然后,找到能量最低的构型对应的分子动力学模拟的步数。在返回VAMD ,查看其对应 的构型吧。...

好像确实可以,把每个能量值提出出来比较大小,再把最小的那个 能量值后面的N行坐标数据导出来。
额。。。不咋会用Fortran。。。
7楼2013-03-23 14:02:23
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vasp001

金虫 (正式写手)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by huangpu2009 at 2013-03-23 14:02:23
好像确实可以,把每个能量值提出出来比较大小,再把最小的那个 能量值后面的N行坐标数据导出来。
额。。。不咋会用Fortran。。。...

使用 grep ,建议 百度 一下 grep 啊。
一定要精通MaterialsStudios,VASP.
8楼2013-03-23 19:50:47
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huangpu2009

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by vasp001 at 2013-03-23 19:50:47
使用 grep ,建议 百度 一下 grep 啊。...

谢谢,明白了。
9楼2013-03-24 09:41:54
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