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柳誉

铁虫 (小有名气)

[求助] Gaussian结构优化问题!!!

我是Gaussian的初学者,经验欠缺,恳请各位前辈赐教!

我对一个分子量为250多的分子进行结构优化和频率计算,可是最后得到的优化结构与一些外国网站和Chem3D中minimize energy操作后的结构有大的区别:高斯得出的结构各原子几乎都在一个平面上,而后者能明显看出环之间有一个近50度的夹角。

计算设置参数如下
Method:   Ground State        DFT...       Restricted        B3LYP
Basis Set:    6-31G      d
Charge:    0      spin:   Singlet

(# opt freq=noraman rb3lyp/6-31g(d) geom=connectivity)
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yanrding

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
理论上,按照你的Gaussian计算设置,应该比chem3d的计算等级高,应该更可信些。
华北电力大学(北京)数理学院,计算化学,凝聚态物理。欢迎合作!招硕士/博士研究生,招老师。
2楼2013-03-22 10:57:12
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柳誉

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yanrding at 2013-03-22 10:57:12
理论上,按照你的Gaussian计算设置,应该比chem3d的计算等级高,应该更可信些。

可是有些外国网站的给出的3D模型是和Chem3D的更接近,比如
http://www.chemicalize.org/
http://www.chemspider.com/
http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
等网站所提供的3D模型。我不知道这些网站提供的信息可信度如何,但他们所提供的模型看,还是有一定的一致性,这样应该不会只是偶然吧?
3楼2013-03-22 13:13:51
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stalart

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这个和你做的初始模型有直接关系,不能指望Gaussian跨越加大
4楼2013-03-22 19:09:04
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柳誉

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by stalart at 2013-03-22 19:09:04
这个和你做的初始模型有直接关系,不能指望Gaussian跨越加大

谢谢你的回复!

初始模型!那我举个例子请你帮我判断一下,有机没学好,劳烦了!

q的3D模型,是1还是2呢?我把q直接的从ChemDraw复制到Chem3D里,显示的模型是1。

1.jpg



2.jpg



q.PNG

5楼2013-03-22 20:02:12
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dai_shen844

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我感觉把5楼的两个初始构型导入到高斯里面计算,计算结果应该相差无几~
小卒一名,过来探讨一下~
潜心
6楼2013-05-23 17:53:43
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柳誉

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by dai_shen844 at 2013-05-23 17:53:43
我感觉把5楼的两个初始构型导入到高斯里面计算,计算结果应该相差无几~
小卒一名,过来探讨一下~


我对这俩家伙的小实验结果也确是如此... ...
7楼2013-05-26 03:03:48
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