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zxy964777869铜虫 (正式写手)
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[求助]
discover分析扩散系数求问
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discover可以通过通过均方位移，再结合爱因斯坦扩散方程可以得到分子扩散率，但是有一个疑问，discover分析均方位移的时候有没有去掉周期性条件，众所周知，在施加了周期性边界条件的体系，分析均方位移的时候要去除周期性条件，有没有大侠可以出来解释一下discover中对pbc的处理，是否在discover分析的时候已经刨除了PBC的影响。 最近用discover算了一个体系，先NVT，后NPT，最后NVE，最后NVE的势能曲线如图，可知体系已经达到了平衡，但是用discover分析MSD，得到的曲线则是不规则的，这难道是我的体系的原因么，由这样的曲线可以计算扩散系数么？谢谢  MSD曲线.jpg  势能曲线.jpg |
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