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关于结构（confined layer）和优化后结果文件中能量参数的两个问题
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请教： 1.用ms建立一个confined layer，layer nomal along按默认值C，建模之后做了个能量最小化，然后就发现结构六个面都有原子穿过，包括垂直于C方向的两个面。 问，confined layer其实是二维周期吧，为什么在非周期性边界那个方向也会有原子跑到外边呢？这是正常的吗？怎么解释呢？ 2.我优化了一个结构，之后查看里边的txt文件时，发现这样一句话 ---- Energy parameters ---- Forcefield : COMPASS Electrostatic terms: …… van der Waals terms: …… 9 inversion(s) have been deleted from the energy expression as they have no forcefield parameters. “inversion(s) have been deleted from the energy expression as they have no forcefield parameters”这个是什么原因，该怎么办呢？ |
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2楼2013-03-20 17:44:34
sunboyccc
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