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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 如何鉴定一个拟南芥完全未知的基因的功能
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卢尔夏

铁虫 (初入文坛)

[求助] 如何鉴定一个拟南芥完全未知的基因的功能

这个基因有一些芯片数据和预测数据，突变体也有表型（野生型是Col.0,，渗透处理和低pH处理长的突变体都比野生型差），但是不知道该从哪个方面入手。求大神指导~
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1楼 2013-03-19 10:52:13
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zhaolf

木虫 (著名写手)

胖虎爱唱歌

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
卢尔夏: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2013-04-07 14:27:12
xy656691: 金币+10, 很好 2013-04-08 20:34:58
根据我们实验室的思路，可以做real time PCR或者promoter：GUS看基因在哪些组织和器官表达；可以构建基因：GFP载体转到拟南芥里看蛋白在细胞内的定位，顺便看可不可以complement mutant。如果可以，接下来用该植物提取蛋白，做IP或者克隆该基因通过yeast2hybrid找它的结合蛋白，从这里入手如果找到已知功能的结合蛋白就可以增加该蛋白的信息量了。找到结合蛋白可以通过各种方法来确定结合，然后看结合蛋白被knock out以后植物有没有表型，根据不同的结果再做后续的实验。
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我是胖虎，我是孩子王！
5楼2013-04-04 15:29:20
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普通回帖

plantaqp

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
卢尔夏: 金币+5 2013-04-03 16:04:32
xy656691: 金币+3, 感谢应助 2013-04-08 20:34:39
1. 同源序列比对，看看其他物种有没有同源基因
2. 还要看突变体是否是单一基因突变
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

卢尔夏
2楼2013-03-20 08:23:34
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卢尔夏

铁虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by plantaqp at 2013-03-20 08:23:34
1. 同源序列比对，看看其他物种有没有同源基因
2. 还要看突变体是否是单一基因突变

就是因为这个基因完全未知，而且只有植物中有，动物微生物中没有同源序列，目前一点参考的文献都没有，我现在就只能各种处理看看表型而已，没什么头绪。至于是否单基因突变，现在正在做回补，还没有结果
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3楼2013-03-20 09:33:38
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plantaqp

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你做的是什么植物，拟南芥吗？
克隆基因，有很多东西可以做的。不过，猜测功能也要看表型的。
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4楼2013-04-03 22:55:29
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卢尔夏

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by plantaqp at 2013-04-03 22:55:29
你做的是什么植物，拟南芥吗？
克隆基因，有很多东西可以做的。不过，猜测功能也要看表型的。

目前有的表型是，渗透胁迫下突变体根长比野生型短很多，酸处理之前也有一些表型，但是后来一直么有重复出来，能够确定的就是对高盐高渗透敏感
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6楼2013-04-07 14:44:49
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plantaqp

金虫 (正式写手)
正常生长条件下，突变体比野生型长的好吗，尤其是根长？一般来说，正常条件下，生长快的对胁迫更敏感。
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7楼2013-04-08 18:39:18
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卢尔夏

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by plantaqp at 2013-04-08 18:39:18
正常生长条件下，突变体比野生型长的好吗，尤其是根长？一般来说，正常条件下，生长快的对胁迫更敏感。

正常条件突变体和野生型没有什么区别的，我是有次实验员倒MS之前没有调pH才偶然发现突变体有表型的
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8楼2013-04-09 11:20:01
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plantaqp

金虫 (正式写手)
只能按部就班的做了。拿到基因，有表型了，也不愁发好文章了。
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9楼2013-04-10 21:18:45
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卢尔夏

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by plantaqp at 2013-04-10 21:18:45
只能按部就班的做了。拿到基因，有表型了，也不愁发好文章了。

实验室所有老师都这么说，可是天知道要做多久
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10楼2013-04-11 09:26:57
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