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lsss木虫 (正式写手)
121-水手
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[求助]
关于miRNA预测问题
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最近在做生物信息学预测miRNA，已经用Vienna RNAfold（本地版）预测完二级结构，但不知道要怎样获得最终的pre-miRNA和成熟miRNA。本人新手，着急啊，希望大家帮忙，谢谢！ ps：我看很多文章都用Mfold3.2预测完二级结构，就得到了成熟miRNA。Mfold3.2和Vienna RNAfold预测结果差别很大吗？我看资料说二者的算法是一样的？ 二级结构预测结果 >oviAri1_ct_UserTrack_3545_mmu-miR-5110 range=chr1:574503-574921 5'pad=200 3'pad=200 strand=- repeatMasking=none CAGCCAUACAGCGGACGGAGCGCGUCGGGACACACCUUGUUUGAACUAUUUGUUAGAAACGUUUUUAGGAUCCAGUUUAUAAAUAAACACGAGCACCGAGCAGUGUCCAGCGGGUUCAGGUGGCCGGCAGGAGCAGGCGGGGGCUCACACCAGCCACUGAUACUCGGGGGGUGAUGCGGAGCCGGGCAGGGCUGCUGAGGGGAGGAGGUAGUGGGUGGUGAGAAGGUGGGCGCAGGGCAGGUCUUGGGCGGGAGCUGGAGGGUUUCCAUCCACACAGGUCCCCCCCGCCGACCGUGUCCAGUCUCCUGUCUCCCGGCCAGUGGCGCUCAGGGGUGGACGGGUGGUGAGAAGGUGGGCGCAGGGCAGGUCUUGGGCGGGAGCUGGAGGGUUUCCAUCCACACAGGUCCCCCCCGCCGACC ..(((.....((.((((.....))))......((((((.((...((((((((((....((..((((((.((((.(((((....)))))....((.(((.(((.(..((..(((((...((((((.((...((((........))))...)).))))))...)))))..))..).))).....))))).))).).)))))).(((..(.((.(((.(((.(((((((.((((...(((((((((.((((.((((.((((.((((....)))).).))).)))).))))..)))).))))).))))))).))))))).))).)).).)))....)).)))))))))))).)))))).))....))).((((.((((.((((.((((.((((....)))).).))).)))).))))..)))) (-173.20) >oviAri1_ct_UserTrack_3545_bta-miR-2340 range=chr1:581896-582311 5'pad=200 3'pad=200 strand=+ repeatMasking=none GAGUCUGAGUAGCCUCCUAUUCCUAUGGGGUCCACCUACAUCUGAGACAGUUNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAAGAGAACAACCACCCCAACUAGCCAGGAAACCUACUCCAAAUGAGCACAGGGUCCCUCAACUGUCCCUCUCCUACGUUUGUCUUUUUCUUCCAAAUGCCCGCCUGGGACUUCCCUGGUGGUCGGGGGCUAAACCUUCGUGCUCCCAACUCGAGGGGCUUGGGUUUAAUCCCCGGUCAAGGAGCUACAUCCUACAUGCUGCAGCUGAAGCCCAGUGCCGCCAGAUUAAAGCACGCAUGUGCACGUGUGUGUGUGCGCGUGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN .((((((.(((((.((((.......((((((.........(((...................................................)))........))))))....((((((...(((.(((.....)))...)))...........(((((.......((((((...........)))))).......)))))...))))))(..(((((..(((((((....(((((........)))))..)))))))..)))))..).))))))))).........((.(((.(((.....)))))).))))))))...((.((((((..((....))..)))))).))................................................................ (-104.91) |
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