24小时热门版块排行榜

返回列表

lsss

木虫 (正式写手)

121-水手

应助: 1 (幼儿园)
金币: 3287.7
红花: 1
帖子: 619
在线: 95.1小时
虫号: 96480
注册: 2005-11-07
性别: GG
专业: 生物信息学

[求助] 关于miRNA预测问题

最近在做生物信息学预测miRNA，已经用Vienna RNAfold（本地版）预测完二级结构，但不知道要怎样获得最终的pre-miRNA和成熟miRNA。本人新手，着急啊，希望大家帮忙，谢谢！

ps：我看很多文章都用Mfold3.2预测完二级结构，就得到了成熟miRNA。Mfold3.2和Vienna RNAfold预测结果差别很大吗？我看资料说二者的算法是一样的？

二级结构预测结果

>oviAri1_ct_UserTrack_3545_mmu-miR-5110 range=chr1:574503-574921 5'pad=200 3'pad=200 strand=- repeatMasking=none

CAGCCAUACAGCGGACGGAGCGCGUCGGGACACACCUUGUUUGAACUAUUUGUUAGAAACGUUUUUAGGAUCCAGUUUAUAAAUAAACACGAGCACCGAGCAGUGUCCAGCGGGUUCAGGUGGCCGGCAGGAGCAGGCGGGGGCUCACACCAGCCACUGAUACUCGGGGGGUGAUGCGGAGCCGGGCAGGGCUGCUGAGGGGAGGAGGUAGUGGGUGGUGAGAAGGUGGGCGCAGGGCAGGUCUUGGGCGGGAGCUGGAGGGUUUCCAUCCACACAGGUCCCCCCCGCCGACCGUGUCCAGUCUCCUGUCUCCCGGCCAGUGGCGCUCAGGGGUGGACGGGUGGUGAGAAGGUGGGCGCAGGGCAGGUCUUGGGCGGGAGCUGGAGGGUUUCCAUCCACACAGGUCCCCCCCGCCGACC

..(((.....((.((((.....))))......((((((.((...((((((((((....((..((((((.((((.(((((....)))))....((.(((.(((.(..((..(((((...((((((.((...((((........))))...)).))))))...)))))..))..).))).....))))).))).).)))))).(((..(.((.(((.(((.(((((((.((((...(((((((((.((((.((((.((((.((((....)))).).))).)))).))))..)))).))))).))))))).))))))).))).)).).)))....)).)))))))))))).)))))).))....))).((((.((((.((((.((((.((((....)))).).))).)))).))))..))))

(-173.20)

>oviAri1_ct_UserTrack_3545_bta-miR-2340 range=chr1:581896-582311 5'pad=200 3'pad=200 strand=+ repeatMasking=none

GAGUCUGAGUAGCCUCCUAUUCCUAUGGGGUCCACCUACAUCUGAGACAGUUNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAAGAGAACAACCACCCCAACUAGCCAGGAAACCUACUCCAAAUGAGCACAGGGUCCCUCAACUGUCCCUCUCCUACGUUUGUCUUUUUCUUCCAAAUGCCCGCCUGGGACUUCCCUGGUGGUCGGGGGCUAAACCUUCGUGCUCCCAACUCGAGGGGCUUGGGUUUAAUCCCCGGUCAAGGAGCUACAUCCUACAUGCUGCAGCUGAAGCCCAGUGCCGCCAGAUUAAAGCACGCAUGUGCACGUGUGUGUGUGCGCGUGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

.((((((.(((((.((((.......((((((.........(((...................................................)))........))))))....((((((...(((.(((.....)))...)))...........(((((.......((((((...........)))))).......)))))...))))))(..(((((..(((((((....(((((........)))))..)))))))..)))))..).))))))))).........((.(((.(((.....)))))).))))))))...((.((((((..((....))..)))))).))................................................................ (-104.91)

回复此楼