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lingogo

金虫 (小有名气)

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[求助] amber MD过程中出现的问题求各位大神解答

我做的是真空体系，最小化和加热过程均没有出现问题，在MD的时候，out文件提示

The system has extended beyond
the extent of the virtual box.
Restarting sander will recalculate
a new virtual box with 30 Angstroms
extra on each side, if there is a
restart file for this configuration.
SANDER BOMB in subroutine Routine: map_coords (ew_force.f)
Atom out of bounds. If a restart has been written,
restarting should resolve the error

就跑了几步之后就跑不下去了。。出现提示。。。怎么回事啊？

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1楼 2013-03-08 10:17:16

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therotyonth

8楼2015-01-22 15:51:51

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lccbat

金虫 (初入文坛)

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【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-08 14:57:40

iwrap=1?
我很少做真空体系，不确定。把你的输入参数文件贴上来看看。

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2楼2013-03-08 14:15:42

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lingogo

金虫 (小有名气)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by lccbat at 2013-03-08 14:15:42
iwrap=1?
我很少做真空体系，不确定。把你的输入参数文件贴上来看看。

stage1:fixed the protein 200PS nvt
&cntrl
  imin=0,ntb=0,cut=12,
  ntc=2,ntf=2,
  nstlim=100000,dt=0.002,
  ntpr=1000,ntwx=1000,
  ntt=1,tautp=1,
  tempi=300,temp0=300,
  ntr=1,restraint_wt=10,
  restraintmask=':1-238',
  irest=1,ntx=5
/

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3楼2013-03-08 14:48:39

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