应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber MD过程中出现的问题 求各位大神解答
81/1返回列表
查看: 1933  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] amber MD过程中出现的问题 求各位大神解答

我做的是真空体系，最小化和加热过程均没有出现问题，在MD的时候，out文件提示

The system has extended beyond
     the extent of the virtual box.
Restarting sander will recalculate
    a new virtual box with 30 Angstroms
    extra on each side, if there is a
    restart file for this configuration.
SANDER BOMB in subroutine Routine: map_coords (ew_force.f)
Atom out of bounds. If a restart has been written,
restarting should resolve the error

就跑了几步之后就跑不下去了。。出现提示。。。怎么回事啊？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-03-08 10:17:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lccbat

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-08 14:57:40
iwrap=1?
我很少做真空体系，不确定。把你的输入参数文件贴上来看看。
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-08 14:15:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lccbat at 2013-03-08 14:15:42
iwrap=1?
我很少做真空体系，不确定。把你的输入参数文件贴上来看看。

stage1:fixed the protein 200PS nvt
&cntrl
  imin=0,ntb=0,cut=12,
  ntc=2,ntf=2,
  nstlim=100000,dt=0.002,
  ntpr=1000,ntwx=1000,
  ntt=1,tautp=1,
  tempi=300,temp0=300,
  ntr=1,restraint_wt=10,
  restraintmask=':1-238',
  irest=1,ntx=5
/
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-08 14:48:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

d1023c

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lingogo: 金币+5, ★有帮助 2013-03-09 17:01:19
有些东东我也不太确定，你可以试试。
restraint_wt=2.0,
ntt=3
cut=10
另外你可以去amber的网站看看，例如：
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/section1.htm
祝你好运
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-08 17:49:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lingogo: 金币+45, ★★★★★最佳答案, 问题解决了~~ 2013-03-09 17:02:01
本帖仅楼主可见
赞一下
5楼2013-03-09 00:08:26
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

xsjl绿水青山

新虫 (初入文坛)
请问你的问题最后是怎么解决的？我现在也遇到了同样的问题……
赞一下 回复此楼
6楼2014-05-27 14:39:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xsjl绿水青山 at 2014-05-27 14:39:17
请问你的问题最后是怎么解决的？我现在也遇到了同样的问题……

igb=6可以解决。该参数表示做真空计算，考虑范德华和静电相互作用。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2014-05-31 20:38:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

therotyonth
8楼2015-01-22 15:51:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lingogo 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 303求调剂 +3 睿08 2026-03-17 3/150 2026-03-17 15:24 by 哦哦123
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林，给自己招师弟中～ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 301求调剂 +3 yy要上岸呀 2026-03-17 3/150 2026-03-17 14:04 by laoshidan
[考博] 26申博 +4 八旬速览 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 20:51 by 元子^0^
[考研] 0703 物理化学调剂 +3 我可以上岸的对� 2026-03-13 5/250 2026-03-16 10:50 by 我可以上岸的对�
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-16 3/150 2026-03-16 10:07 by 求调剂zz
[考研] 311求调剂 +6 冬十三 2026-03-15 6/300 2026-03-16 08:00 by wang_dand
[考研] 招收0805（材料）调剂 +3 18595523086 2026-03-13 3/150 2026-03-14 00:33 by 123%、
[考研] 四川大学085601材料工程专硕 初试294求调剂 +4 祝我们好在冬天 2026-03-11 4/200 2026-03-13 21:39 by peike
[考研] 329求调剂 +3 miaodesi 2026-03-12 4/200 2026-03-13 20:53 by 18595523086
[考研] 281求调剂 +9 Koxui 2026-03-12 11/550 2026-03-13 20:50 by Koxui
[考研] 材料工程调剂 +4 咪咪空空 2026-03-11 4/200 2026-03-13 19:57 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +7 18880831720 2026-03-11 7/350 2026-03-13 16:10 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕350 求调剂 +4 王金科 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:02 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +7 ADT 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:17 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:15 by JourneyLucky
[考研] 工科调剂 +4 Jiang191123！ 2026-03-11 4/200 2026-03-13 15:15 by Miko19
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-12 4/200 2026-03-12 19:33 by 求调剂zz
[考研] 290求调剂 +3 柯淮然 2026-03-10 8/400 2026-03-11 13:48 by 柯淮然
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭