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amber MD过程中出现的问题 求各位大神解答
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我做的是真空体系，最小化和加热过程均没有出现问题，在MD的时候，out文件提示 The system has extended beyond the extent of the virtual box. Restarting sander will recalculate a new virtual box with 30 Angstroms extra on each side, if there is a restart file for this configuration. SANDER BOMB in subroutine Routine: map_coords (ew_force.f) Atom out of bounds. If a restart has been written, restarting should resolve the error 就跑了几步之后就跑不下去了。。出现提示。。。怎么回事啊？ |
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 amber |
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2楼2013-03-08 14:15:42
3楼2013-03-08 14:48:39
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
lingogo: 金币+5, ★有帮助 2013-03-09 17:01:19
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有些东东我也不太确定，你可以试试。 restraint_wt=2.0, ntt=3 cut=10 另外你可以去amber的网站看看，例如： http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/section1.htm 祝你好运 |
4楼2013-03-08 17:49:27
匿名
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lingogo: 金币+45, ★★★★★最佳答案, 问题解决了~~ 2013-03-09 17:02:01
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5楼2013-03-09 00:08:26
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