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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber MD过程中出现的问题 求各位大神解答
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lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] amber MD过程中出现的问题 求各位大神解答

我做的是真空体系，最小化和加热过程均没有出现问题，在MD的时候，out文件提示

The system has extended beyond
     the extent of the virtual box.
Restarting sander will recalculate
    a new virtual box with 30 Angstroms
    extra on each side, if there is a
    restart file for this configuration.
SANDER BOMB in subroutine Routine: map_coords (ew_force.f)
Atom out of bounds. If a restart has been written,
restarting should resolve the error

就跑了几步之后就跑不下去了。。出现提示。。。怎么回事啊？
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1楼 2013-03-08 10:17:16
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lccbat

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-08 14:57:40
iwrap=1?
我很少做真空体系，不确定。把你的输入参数文件贴上来看看。
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2楼2013-03-08 14:15:42
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lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lccbat at 2013-03-08 14:15:42
iwrap=1?
我很少做真空体系，不确定。把你的输入参数文件贴上来看看。

stage1:fixed the protein 200PS nvt
&cntrl
  imin=0,ntb=0,cut=12,
  ntc=2,ntf=2,
  nstlim=100000,dt=0.002,
  ntpr=1000,ntwx=1000,
  ntt=1,tautp=1,
  tempi=300,temp0=300,
  ntr=1,restraint_wt=10,
  restraintmask=':1-238',
  irest=1,ntx=5
/
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-08 14:48:39
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d1023c

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lingogo: 金币+5, ★有帮助 2013-03-09 17:01:19
有些东东我也不太确定，你可以试试。
restraint_wt=2.0,
ntt=3
cut=10
另外你可以去amber的网站看看，例如：
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/section1.htm
祝你好运
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4楼2013-03-08 17:49:27
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匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lingogo: 金币+45, ★★★★★最佳答案, 问题解决了~~ 2013-03-09 17:02:01
本帖仅楼主可见
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5楼2013-03-09 00:08:26
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xsjl绿水青山

新虫 (初入文坛)
请问你的问题最后是怎么解决的？我现在也遇到了同样的问题……
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6楼2014-05-27 14:39:17
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lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xsjl绿水青山 at 2014-05-27 14:39:17
请问你的问题最后是怎么解决的？我现在也遇到了同样的问题……

igb=6可以解决。该参数表示做真空计算，考虑范德华和静电相互作用。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2014-05-31 20:38:02
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therotyonth
8楼2015-01-22 15:51:51
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