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huangjin5698

木虫 (小有名气)

[求助] checkcif 时出现错误,怎么回事呀???

把CIF文件上传之后,再上传FCF文件,出现在如下错误:
Software error:
Can't call method "size" on an undefined value at /Local/Ix86/Linux/httpd/cgi-bin/checkcif_hkl.pl line 157.
For help, please send mail to the webmaster (support@iucr.org), giving this error message and the time and date of the error.

如果只上传CIF文件,出现如下警告:这什么ALART代表什么意思呀?
Alert level C
ABSTY02_ALERT_1_C  An _exptl_absorpt_correction_type has been given without
            a literature citation. This should be contained in the
            _exptl_absorpt_process_details field.
            Absorption correction given as psi-scan
PLAT340_ALERT_3_C Low Bond Precision on  C-C Bonds ...............     0.0041 Ang  
Alert level G
PLAT005_ALERT_5_G No _iucr_refine_instructions_details  in the CIF          ?
PLAT199_ALERT_1_G Check the Reported _cell_measurement_temperature        293 K   
PLAT200_ALERT_1_G Check the Reported   _diffrn_ambient_temperature        293 K   
   0 ALERT level A = Most likely a serious problem - resolve or explain
   0 ALERT level B = A potentially serious problem, consider carefully
   2 ALERT level C = Check. Ensure it is not caused by an omission or oversight
   3 ALERT level G = General information/check it is not something unexpected
   3 ALERT type 1 CIF construction/syntax error, inconsistent or missing data
   0 ALERT type 2 Indicator that the structure model may be wrong or deficient
   1 ALERT type 3 Indicator that the structure quality may be low
   0 ALERT type 4 Improvement, methodology, query or suggestion
   1 ALERT type 5 Informative message, check
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huangjin5698

木虫 (小有名气)

正常的CIF文件和FCF文件是怎么样的呀?
7楼2013-03-04 13:32:46
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luxtal

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
huangjin5698: 金币+10 2013-03-04 09:02:21
Software error:
Can't call method "size" on an undefined value at /Local/Ix86/Linux/httpd/cgi-bin/checkcif_hkl.pl line 157.
For help, please send mail to the webmaster (support@iucr.org), giving this error message and the time and date of the error.

上面应该是服务器程序出错。为稳妥起见,查看一下你的CIF的157行,有没有不该出现的字符。

如果只上传CIF文件,出现如下警告:这什么ALART代表什么意思呀?

Alart是警告,提示你去处理精修中的不足之处,一般A和B类要干预,C-G类大都可以忽略。

Alert level C
ABSTY02_ALERT_1_C  An _exptl_absorpt_correction_type has been given without
             a literature citation. This should be contained in the
             _exptl_absorpt_process_details field.
             Absorption correction given as psi-scan
以上是提示你吸收矫正的细节不足,用了什么程序和算法。目前很少人用PSI-scan来进行吸收矫正,如果真是如此,就写上用到的程序和细节。

PLAT340_ALERT_3_C Low Bond Precision on  C-C Bonds ...............     0.0041 Ang  

以上是说你的模型不够理想,C-C键的精度太低了,估计没有在低温下手数据,或者晶体质量不好。注意,很多人认为在室温下收集数据来解结构是种错误。

Alert level G
PLAT005_ALERT_5_G No _iucr_refine_instructions_details  in the CIF          ?
PLAT199_ALERT_1_G Check the Reported _cell_measurement_temperature        293 K   
PLAT200_ALERT_1_G Check the Reported   _diffrn_ambient_temperature        293 K  

以上都可以忽略了。
What_we_observe_is_not_nature_itself,_but_nature_exposed_to_our_method_of_questioning----Werner_Karl_Heisenberg
2楼2013-03-04 01:39:54
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huangjin5698

木虫 (小有名气)

那我该怎么改动,让检测软件能够执行完全检测呢?
3楼2013-03-04 09:07:07
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luxtal

至尊木虫 (职业作家)

看看的cif文件里157行前后没有异常的话,再去checkCIF没准就可以了。
What_we_observe_is_not_nature_itself,_but_nature_exposed_to_our_method_of_questioning----Werner_Karl_Heisenberg
4楼2013-03-04 09:09:17
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