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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 现有的NAMD 可以用的parameter file里面有没有环氧基团的参数？
汕头大学海洋科学接受调剂
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xiaosaizhao

金虫 (小有名气)

[求助] 现有的NAMD 可以用的parameter file里面有没有环氧基团的参数？

我要做一个关于聚甲基丙烯酸甲酯的NAMD的分子模拟。下载了Mackerrel他的网站上提供的toppar文件，但是找不到环氧基团的参数。有没有虫友可以帮助我提供相关信息？？万分感谢。
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1楼 2013-02-28 10:05:26
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fhh2626

木虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-03 09:26:07
呃。。上面那个贴错了。。抱歉

你把PDB文件贴到https://www.paramchem.org/试试，应该能自动产生一个拓扑文件的
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3楼2013-02-28 11:49:53
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普通回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaosaizhao: 金币+30, ★★★很有帮助 2013-02-28 14:48:34
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-03-03 09:26:19
环氧基团？就是用环内醚的参数啊。。。有啊
MASS   374 OG3C51  15.99940  ! 5-mem furanose ring oxygen (ether)
MASS   375 OG3C61  15.99940  ! DIOX, dioxane, ether in 6-membered ring !SHOULD WE MERGE THIS WITH OG3R60???

charmm cgenff力场里面
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2楼2013-02-28 11:47:21
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xiaosaizhao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-02-28 11:49:53
呃。。上面那个贴错了。。抱歉

你把PDB文件贴到https://www.paramchem.org/试试，应该能自动产生一个拓扑文件的

十分感谢你的回复。我是做分子模拟的新手。所以很多还不懂。我是用chemdraw做了pdb文件，打算用chemdraw 里面structure里面的信息写出它的psf文件（跳过写topological 文件）。然后想选取合适的parameter file，并用里面的原子类型来修改现在的pdb和psf里面的原子，以进行分子模拟。但是找不到包含环氧基团的现成的参数文件。请问我的思路合适么？
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4楼2013-02-28 14:48:37
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fhh2626

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaosaizhao at 2013-02-28 14:48:37
十分感谢你的回复。我是做分子模拟的新手。所以很多还不懂。我是用chemdraw做了pdb文件，打算用chemdraw 里面structure里面的信息写出它的psf文件（跳过写topological 文件）。然后想选取合适的parameter file，并 ...

拓扑文件是不能跳过的…不过你传到上面我说的那个网站上面去应该就能得到一个了
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5楼2013-02-28 15:16:25
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xiaosaizhao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-02-28 15:16:25
拓扑文件是不能跳过的…不过你传到上面我说的那个网站上面去应该就能得到一个了...

十分谢谢。我刚才传到那个网站了。但是它应该就是根据cgenff来的。生成的本来应该是环氧键的原子类型就是指定了一种醚键。所以cgenff里面可能真的没有环氧键。网站生成的这个可以用么？
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6楼2013-02-28 15:41:29
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fhh2626

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-03-03 09:26:37
引用回帖:
6楼: Originally posted by xiaosaizhao at 2013-02-28 15:41:29
十分谢谢。我刚才传到那个网站了。但是它应该就是根据cgenff来的。生成的本来应该是环氧键的原子类型就是指定了一种醚键。所以cgenff里面可能真的没有环氧键。网站生成的这个可以用么？...

那个文件有一行：
RESI DOD       0.000 ! param penalty=   0.000 ; charge penalty=   0.000

这个能不能用主要看param penalty，如果在10以内的话就肯定能用，如果是三五十的话应该问题也不大，你就先用着算一段，然后看看键长，键角是不是和理论值相近，但是如果这个值太大的话可能就比较麻烦了
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7楼2013-02-28 17:22:55
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xiaosaizhao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-02-28 17:22:55
那个文件有一行：
RESI DOD       0.000 ! param penalty=   0.000 ; charge penalty=   0.000

这个能不能用主要看param penalty，如果在10以内的话就肯定能用，如果是三五十的话应该问题也不大，你就先用着算 ...

RESI tc_Untit       0.000 ! param penalty= 251.400 ; charge penalty=  75.847

那是不是说我的这个分子用genff力场参数还是不能有效描述？那能不能修改或是还有没有别的途径？
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8楼2013-02-28 18:51:25
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fhh2626

木虫 (正式写手)
???????:
8?: Originally posted by xiaosaizhao at 2013-02-28 18:51:25
RESI tc_Untit       0.000 ! param penalty= 251.400 ; charge penalty=  75.847

????????????????????genff?????????????????Ч????????????????????????б???????...

那就???有去文献中找了。。看看文献中的???数或者看看别人怎么???的
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9楼2013-02-28 21:00:02
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xiaosaizhao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-02-28 17:22:55
那个文件有一行：
RESI DOD       0.000 ! param penalty=   0.000 ; charge penalty=   0.000

这个能不能用主要看param penalty，如果在10以内的话就肯定能用，如果是三五十的话应该问题也不大，你就先用着算 ...

我改了一下分子。现在param penalty在43. 我打算先算着。十分感谢。那然后把生成的parameter file改成psfgen能识别的格式么？还是有其他生成psf的方法？
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10楼2013-02-28 21:00:44
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