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xiaosaizhao金虫 (小有名气)
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现有的NAMD 可以用的parameter file里面有没有环氧基团的参数？
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| 我要做一个关于聚甲基丙烯酸甲酯的NAMD的分子模拟。下载了Mackerrel他的网站上提供的toppar文件，但是找不到环氧基团的参数。有没有虫友可以帮助我提供相关信息？？万分感谢。 |
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4楼2013-02-28 14:48:37
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【答案】应助回帖
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xiaosaizhao: 金币+30, ★★★很有帮助 2013-02-28 14:48:34
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-03-03 09:26:19
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xiaosaizhao: 金币+30, ★★★很有帮助 2013-02-28 14:48:34
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-03-03 09:26:19
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环氧基团？就是用环内醚的参数啊。。。有啊 MASS 374 OG3C51 15.99940 ! 5-mem furanose ring oxygen (ether) MASS 375 OG3C61 15.99940 ! DIOX, dioxane, ether in 6-membered ring !SHOULD WE MERGE THIS WITH OG3R60??? charmm cgenff力场里面 |
2楼2013-02-28 11:47:21
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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-03 09:26:07
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呃。。上面那个贴错了。。抱歉 你把PDB文件贴到https://www.paramchem.org/试试，应该能自动产生一个拓扑文件的 |
3楼2013-02-28 11:49:53
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5楼2013-02-28 15:16:25