| 查看: 1148 | 回复: 10 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
xiaosaizhao金虫 (小有名气)
|
[求助]
现有的NAMD 可以用的parameter file里面有没有环氧基团的参数？
|
|
| 我要做一个关于聚甲基丙烯酸甲酯的NAMD的分子模拟。下载了Mackerrel他的网站上提供的toppar文件，但是找不到环氧基团的参数。有没有虫友可以帮助我提供相关信息？？万分感谢。 |
回复此楼» 猜你喜欢
求材料调剂
已经有6人回复
-
085600材料与化工
已经有5人回复
-
085600材料与化工调剂 324分
已经有6人回复
-
286求调剂
已经有9人回复
-
焦虑
已经有12人回复
-
344求调剂
已经有6人回复
-
266求调剂
已经有9人回复
-
化学工程321分求调剂
已经有18人回复
-
314求调剂
已经有8人回复
-
08工科 320总分 求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
9楼2013-02-28 21:00:02
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaosaizhao: 金币+30, ★★★很有帮助 2013-02-28 14:48:34
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-03-03 09:26:19
感谢参与，应助指数 +1
xiaosaizhao: 金币+30, ★★★很有帮助 2013-02-28 14:48:34
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-03-03 09:26:19
|
环氧基团？就是用环内醚的参数啊。。。有啊 MASS 374 OG3C51 15.99940 ! 5-mem furanose ring oxygen (ether) MASS 375 OG3C61 15.99940 ! DIOX, dioxane, ether in 6-membered ring !SHOULD WE MERGE THIS WITH OG3R60??? charmm cgenff力场里面 |
2楼2013-02-28 11:47:21
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-03 09:26:07
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-03 09:26:07
|
呃。。上面那个贴错了。。抱歉 你把PDB文件贴到https://www.paramchem.org/试试，应该能自动产生一个拓扑文件的 |
3楼2013-02-28 11:49:53
xiaosaizhao
金虫 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 2524.8
- 散金: 32
- 红花: 6
- 帖子: 246
- 在线: 66.4小时
- 虫号: 1211412
- 注册: 2011-02-24
- 性别: MM
- 专业: 高分子组装与超分子结构
4楼2013-02-28 14:48:37
