应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 现有的NAMD 可以用的parameter file里面有没有环氧基团的参数？
51/1返回列表
查看: 1142  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

xiaosaizhao

金虫 (小有名气)

[求助] 现有的NAMD 可以用的parameter file里面有没有环氧基团的参数？

我要做一个关于聚甲基丙烯酸甲酯的NAMD的分子模拟。下载了Mackerrel他的网站上提供的toppar文件，但是找不到环氧基团的参数。有没有虫友可以帮助我提供相关信息？？万分感谢。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-02-28 10:05:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-03-03 09:26:37
引用回帖:
6楼: Originally posted by xiaosaizhao at 2013-02-28 15:41:29
十分谢谢。我刚才传到那个网站了。但是它应该就是根据cgenff来的。生成的本来应该是环氧键的原子类型就是指定了一种醚键。所以cgenff里面可能真的没有环氧键。网站生成的这个可以用么？...

那个文件有一行：
RESI DOD       0.000 ! param penalty=   0.000 ; charge penalty=   0.000

这个能不能用主要看param penalty，如果在10以内的话就肯定能用，如果是三五十的话应该问题也不大，你就先用着算一段，然后看看键长，键角是不是和理论值相近，但是如果这个值太大的话可能就比较麻烦了
赞一下 回复此楼
7楼2013-02-28 17:22:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaosaizhao: 金币+30, ★★★很有帮助 2013-02-28 14:48:34
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-03-03 09:26:19
环氧基团？就是用环内醚的参数啊。。。有啊
MASS   374 OG3C51  15.99940  ! 5-mem furanose ring oxygen (ether)
MASS   375 OG3C61  15.99940  ! DIOX, dioxane, ether in 6-membered ring !SHOULD WE MERGE THIS WITH OG3R60???

charmm cgenff力场里面
赞一下 回复此楼
2楼2013-02-28 11:47:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-03 09:26:07
呃。。上面那个贴错了。。抱歉

你把PDB文件贴到https://www.paramchem.org/试试，应该能自动产生一个拓扑文件的
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2013-02-28 11:49:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaosaizhao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-02-28 11:49:53
呃。。上面那个贴错了。。抱歉

你把PDB文件贴到https://www.paramchem.org/试试，应该能自动产生一个拓扑文件的

十分感谢你的回复。我是做分子模拟的新手。所以很多还不懂。我是用chemdraw做了pdb文件，打算用chemdraw 里面structure里面的信息写出它的psf文件（跳过写topological 文件）。然后想选取合适的parameter file，并用里面的原子类型来修改现在的pdb和psf里面的原子，以进行分子模拟。但是找不到包含环氧基团的现成的参数文件。请问我的思路合适么？
赞一下 回复此楼
4楼2013-02-28 14:48:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 280求调剂 +6 咕噜晓晓 2026-03-18 7/350 2026-03-18 11:25 by 无际的草原
[考研] 环境工程调剂 +8 大可digkids 2026-03-16 8/400 2026-03-18 09:36 by zhukairuo
[考研] 311求调剂 +10 冬十三 2026-03-15 11/550 2026-03-18 09:04 by zhukairuo
[考研] 334求调剂 +3 志存高远意在机� 2026-03-16 3/150 2026-03-18 08:34 by lm4875102
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:27 by Little-xue
[考研] 289求调剂 +6 步川酷紫123 2026-03-11 6/300 2026-03-17 10:23 by Sammy2
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 20:51 by 元子^0^
[考研] 0854控制工程 359求调剂 可跨专业 +3 626776879 2026-03-14 9/450 2026-03-16 17:42 by 626776879
[考研] 283求调剂 +10 小楼。 2026-03-12 14/700 2026-03-16 16:08 by 13811244083
[考研] 0703 物理化学调剂 +3 我可以上岸的对� 2026-03-13 5/250 2026-03-16 10:50 by 我可以上岸的对�
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 255求调剂 +3 李嘉慧， 2026-03-12 4/200 2026-03-14 16:58 by 有只狸奴
[考研] 297求调剂 +4 学海漂泊 2026-03-13 4/200 2026-03-14 11:51 by 热情沙漠
[基金申请] 有必要更换申报口吗 20+3 fannyamoy 2026-03-11 3/150 2026-03-14 00:52 by zhanghaozhu
[考研] 材料与化工求调剂一志愿 985 总分 295 +8 dream…… 2026-03-12 8/400 2026-03-13 22:17 by 星空星月
[考研] 求材料调剂 085600英一数二总分302 前三科235 精通机器学习 一志愿哈工大 +4 林yaxin 2026-03-12 4/200 2026-03-13 22:04 by 星空星月
[考研] 一志愿西南交大，材料专硕317求调剂 +5 lx8568 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:43 by peike
[考研] （081700）化学工程与技术-298分求调剂 +12 11啦啦啦 2026-03-11 35/1750 2026-03-13 21:25 by JourneyLucky
[考研] 工科278分求调剂 +5 周慢热啊 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考博] 26读博 +4 Rui135246 2026-03-12 10/500 2026-03-13 07:15 by gaobiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭