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汕头大学海洋科学接受调剂
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xjtu0025

新虫 (小有名气)

[求助] 求教怎么样才能找到一个蛋白抗原性较强的区域

我有那个蛋白序列,我想克隆其中抗原性强的序列或者是蛋白表面的区域。有没有什么网站或者方法可以找到呢?
新手求教!
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erahua

铁虫 (初入文坛)

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+3, 应助指数-1, 谢谢参与,不过回帖更倾向于交流,而不是应助 2013-02-27 05:08:07
mark学习下。

对结构不懂。。。
个人感觉既然是想做一个抗体能识别所有的转录体,那应该是要识别它们之间共有的序列吧。
或者是识别共同的构象?
针对构象的抗体,感觉很神秘...还有就是不同的转录体在生理情况下的构象是否会有某部分一样,另外就是即便同一转录体在不同生理情况下是否会保持构象不变...
4楼2013-02-27 05:03:07
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查看全部 8 个回答

Jarviswu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励发帖交流问题。 2013-02-26 18:16:03
蛋白质表面的区域容易找出来,查看该蛋白质的PDB图谱就可以(可以NCBI或Protein Data Bank中找一下,如果有的话),但貌似没有强大软件可以分析蛋白质抗原性,因为抗原性是针对某一特定环境而言,不具备“统一性”(本人观点,未必正确)
如果想做好它,就把它视为“朋友”:蛋白质,冷泉港!
2楼2013-02-26 17:18:30
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xjtu0025

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Jarviswu at 2013-02-26 17:18:30
蛋白质表面的区域容易找出来,查看该蛋白质的PDB图谱就可以(可以NCBI或Protein Data Bank中找一下,如果有的话),但貌似没有强大软件可以分析蛋白质抗原性,因为抗原性是针对某一特定环境而言,不具备“统一性”( ...

我查了一下软件,有一个DNAstar的。有一栏是分析抗原性。
我有个疑问,因为我是想做一个基因10种转录蛋白的抗体,也就是取那10个蛋白共同的有部分。现在找到的一组48aa的。我是应该从原有那10个蛋白的PDB图谱中看表面区域对么?
那抗原性也是综合10个蛋白的情况?不知道你有没有做过类似的?

还有一个小小疑问,关于PCR引物的,我要P指定区域,这样引物就是固定好的。那那些颈环,二聚体根本避免不了,要怎么办呢?你了解么?
3楼2013-02-26 21:47:51
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
去搜索引擎上找antigen prediction,很多工具。2楼说的PDB是因为抗原肯定是在表面的,而且发生作用还需要结构对。我的建议是先序列预测,找到几个高可能性位点后再去PDB里确认
5楼2013-02-27 05:06:01
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