应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求教怎么样才能找到一个蛋白抗原性较强的区域
汕头大学海洋科学接受调剂
81/1返回列表
查看: 1771  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xjtu0025

新虫 (小有名气)

[求助] 求教怎么样才能找到一个蛋白抗原性较强的区域

我有那个蛋白序列，我想克隆其中抗原性强的序列或者是蛋白表面的区域。有没有什么网站或者方法可以找到呢？
新手求教！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-02-26 17:01:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jarviswu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励发帖交流问题。 2013-02-26 18:16:03
蛋白质表面的区域容易找出来，查看该蛋白质的PDB图谱就可以（可以NCBI或Protein Data Bank中找一下，如果有的话），但貌似没有强大软件可以分析蛋白质抗原性，因为抗原性是针对某一特定环境而言，不具备“统一性”（本人观点，未必正确）
赞一下(1人) 回复此楼
如果想做好它，就把它视为“朋友”：蛋白质，冷泉港！
2楼2013-02-26 17:18:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xjtu0025

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Jarviswu at 2013-02-26 17:18:30
蛋白质表面的区域容易找出来，查看该蛋白质的PDB图谱就可以（可以NCBI或Protein Data Bank中找一下，如果有的话），但貌似没有强大软件可以分析蛋白质抗原性，因为抗原性是针对某一特定环境而言，不具备“统一性”（ ...

我查了一下软件，有一个DNAstar的。有一栏是分析抗原性。
我有个疑问，因为我是想做一个基因10种转录蛋白的抗体，也就是取那10个蛋白共同的有部分。现在找到的一组48aa的。我是应该从原有那10个蛋白的PDB图谱中看表面区域对么？
那抗原性也是综合10个蛋白的情况？不知道你有没有做过类似的？

还有一个小小疑问，关于PCR引物的，我要P指定区域，这样引物就是固定好的。那那些颈环，二聚体根本避免不了，要怎么办呢？你了解么？
赞一下 回复此楼
3楼2013-02-26 21:47:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

erahua

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+3, 应助指数-1, 谢谢参与，不过回帖更倾向于交流，而不是应助 2013-02-27 05:08:07
mark学习下。

对结构不懂。。。
个人感觉既然是想做一个抗体能识别所有的转录体，那应该是要识别它们之间共有的序列吧。
或者是识别共同的构象?
针对构象的抗体，感觉很神秘...还有就是不同的转录体在生理情况下的构象是否会有某部分一样,另外就是即便同一转录体在不同生理情况下是否会保持构象不变...
赞一下 回复此楼
4楼2013-02-27 05:03:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
去搜索引擎上找antigen prediction，很多工具。2楼说的PDB是因为抗原肯定是在表面的，而且发生作用还需要结构对。我的建议是先序列预测，找到几个高可能性位点后再去PDB里确认
赞一下 回复此楼
5楼2013-02-27 05:06:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jarviswu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by xjtu0025 at 2013-02-26 21:47:51
我查了一下软件，有一个DNAstar的。有一栏是分析抗原性。
我有个疑问，因为我是想做一个基因10种转录蛋白的抗体，也就是取那10个蛋白共同的有部分。现在找到的一组48aa的。我是应该从原有那10个蛋白的PDB图谱中看 ...

蛋白质互作时的表位可分为：线性表位和构象表位，所以你要的氨基酸序列未必在结构的表面，或者即使在结构表面也应该是不连续的几段氨基酸序列。更深层次的东西我不是很懂，可以请教一下内行的大虾~
关于PCR克隆指定区域的话，可以在指定区域直接截取约20bp序列作为引物，甚至还可以在引物两端加上你想要的Linker或酶切位点。即使有少量二聚体，也什么大碍，只要能扩出你的目的片段就OK了。为了减少错配的发生，你还可以先对目的片度酶切，以含有目的片段的酶切片段做模板做PCR。
赞一下 回复此楼
如果想做好它，就把它视为“朋友”：蛋白质，冷泉港！
6楼2013-02-27 09:54:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xjtu0025

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by erahua at 2013-02-27 05:03:07
mark学习下。

对结构不懂。。。
个人感觉既然是想做一个抗体能识别所有的转录体，那应该是要识别它们之间共有的序列吧。
或者是识别共同的构象?
针对构象的抗体，感觉很神秘...还有就是不同的转录体在生理情 ...

没错啊。。我也是有深深地疑问。。。毕竟抗原抗体还是对结构要求蛮严格的吧。。。不过我现在只是想把共同序列克隆下来，做个载体。。后面的事情我就不操心了。。实在不懂。
赞一下 回复此楼
7楼2013-02-27 14:30:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunxijunim

新虫 (小有名气)
软件怎么样下载呀？？？
赞一下 回复此楼
8楼2014-10-02 00:37:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xjtu0025 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 各位老师好，求调剂，本科211，一志愿天津大学生物与医药学硕，差两名录取。 +8 路六六jjj 2026-04-13 8/400 2026-04-13 20:42 by paopaotu326
[考研] 335求调剂 +18 想上岸呀！！ 2026-04-12 19/950 2026-04-13 14:15 by 张zhihao
[考研] 346分，工科0854求调剂，专硕 +6 moser233 2026-04-12 7/350 2026-04-12 22:11 by fqwang
[教师之家] 山东双非院校考核超级无底线，领导幸灾乐祸，教师遭殃恐 +3 qut2026 2026-04-11 7/350 2026-04-12 20:24 by qut2026
[考研] 生物学308求调剂 +5 相信必会光芒万� 2026-04-11 5/250 2026-04-12 18:14 by zhouxiaoyu
[考研] 求调剂 +11 翩翩一书生 2026-04-09 11/550 2026-04-11 19:57 by 逆水乘风
[考研] 283求调剂 086004考英二数二 +17 那个噜子 2026-04-10 18/900 2026-04-11 16:27 by 明月此时有
[考研] 300分求调剂 （085501机械专硕，本科扬大） +8 xu@841019 2026-04-11 8/400 2026-04-11 10:46 by qingpingzhu
[考研] 求调剂 +13 雪逢冬 2026-04-10 13/650 2026-04-11 09:58 by 猪会飞
[考研] 22408 352分求调剂0854类 +4 努力的夏末 2026-04-09 4/200 2026-04-11 09:57 by zhq0425
[考研] 中科院总分315求调剂 +8 lallalh 2026-04-09 8/400 2026-04-10 19:30 by dick_runner
[考研] 初试261 +3 Asht少 2026-04-10 6/300 2026-04-10 16:38 by Asht少
[考研] 293调剂 +25 yj1221 2026-04-08 26/1300 2026-04-10 15:02 by 柴小白
[考研] 一志愿中科大070300化学，314分求调剂 +12 wakeluofu 2026-04-09 12/600 2026-04-10 09:57 by liuhuiying09
[考研] 本科211 工科085400 280分求调剂 可跨专业 +3 LZH（等待调剂中 2026-04-09 3/150 2026-04-09 21:29 by wutongshun
[考研] 复试调剂，一志愿郑州大学材料与化工289分 +31 硕星赴 2026-04-08 31/1550 2026-04-09 16:54 by Delta2012
[考研] 085801 总分275 本科新能源 求调剂 +8 bradoner 2026-04-08 9/450 2026-04-09 13:43 by only周
[考研] 求调剂 +13 柒luck 2026-04-07 13/650 2026-04-08 22:46 by 猪会飞
[考研] 275 求调剂 +8 Lei812514 2026-04-07 8/400 2026-04-08 12:46 by chemisry
[考研] 316求调剂 +4 15318418673 2026-04-07 4/200 2026-04-07 22:12 by hemengdong
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭