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xjtu0025

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[求助] 求教怎么样才能找到一个蛋白抗原性较强的区域

我有那个蛋白序列，我想克隆其中抗原性强的序列或者是蛋白表面的区域。有没有什么网站或者方法可以找到呢？
新手求教！

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1楼 2013-02-26 17:01:52

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xjtu0025

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引用回帖:

2楼: Originally posted by Jarviswu at 2013-02-26 17:18:30
蛋白质表面的区域容易找出来，查看该蛋白质的PDB图谱就可以（可以NCBI或Protein Data Bank中找一下，如果有的话），但貌似没有强大软件可以分析蛋白质抗原性，因为抗原性是针对某一特定环境而言，不具备“统一性”（ ...

我查了一下软件，有一个DNAstar的。有一栏是分析抗原性。
我有个疑问，因为我是想做一个基因10种转录蛋白的抗体，也就是取那10个蛋白共同的有部分。现在找到的一组48aa的。我是应该从原有那10个蛋白的PDB图谱中看表面区域对么？
那抗原性也是综合10个蛋白的情况？不知道你有没有做过类似的？

还有一个小小疑问，关于PCR引物的，我要P指定区域，这样引物就是固定好的。那那些颈环，二聚体根本避免不了，要怎么办呢？你了解么？