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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求教怎么样才能找到一个蛋白抗原性较强的区域
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xjtu0025

新虫 (小有名气)

[求助] 求教怎么样才能找到一个蛋白抗原性较强的区域

我有那个蛋白序列，我想克隆其中抗原性强的序列或者是蛋白表面的区域。有没有什么网站或者方法可以找到呢？
新手求教！
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1楼 2013-02-26 17:01:52
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Jarviswu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励发帖交流问题。 2013-02-26 18:16:03
蛋白质表面的区域容易找出来，查看该蛋白质的PDB图谱就可以（可以NCBI或Protein Data Bank中找一下，如果有的话），但貌似没有强大软件可以分析蛋白质抗原性，因为抗原性是针对某一特定环境而言，不具备“统一性”（本人观点，未必正确）
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如果想做好它，就把它视为“朋友”：蛋白质，冷泉港！
2楼2013-02-26 17:18:30
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xjtu0025

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Jarviswu at 2013-02-26 17:18:30
蛋白质表面的区域容易找出来，查看该蛋白质的PDB图谱就可以（可以NCBI或Protein Data Bank中找一下，如果有的话），但貌似没有强大软件可以分析蛋白质抗原性，因为抗原性是针对某一特定环境而言，不具备“统一性”（ ...

我查了一下软件，有一个DNAstar的。有一栏是分析抗原性。
我有个疑问，因为我是想做一个基因10种转录蛋白的抗体，也就是取那10个蛋白共同的有部分。现在找到的一组48aa的。我是应该从原有那10个蛋白的PDB图谱中看表面区域对么？
那抗原性也是综合10个蛋白的情况？不知道你有没有做过类似的？

还有一个小小疑问，关于PCR引物的，我要P指定区域，这样引物就是固定好的。那那些颈环，二聚体根本避免不了，要怎么办呢？你了解么？
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3楼2013-02-26 21:47:51
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erahua

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+3, 应助指数-1, 谢谢参与，不过回帖更倾向于交流，而不是应助 2013-02-27 05:08:07
mark学习下。

对结构不懂。。。
个人感觉既然是想做一个抗体能识别所有的转录体，那应该是要识别它们之间共有的序列吧。
或者是识别共同的构象?
针对构象的抗体，感觉很神秘...还有就是不同的转录体在生理情况下的构象是否会有某部分一样,另外就是即便同一转录体在不同生理情况下是否会保持构象不变...
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4楼2013-02-27 05:03:07
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
去搜索引擎上找antigen prediction，很多工具。2楼说的PDB是因为抗原肯定是在表面的，而且发生作用还需要结构对。我的建议是先序列预测，找到几个高可能性位点后再去PDB里确认
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5楼2013-02-27 05:06:01
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Jarviswu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by xjtu0025 at 2013-02-26 21:47:51
我查了一下软件，有一个DNAstar的。有一栏是分析抗原性。
我有个疑问，因为我是想做一个基因10种转录蛋白的抗体，也就是取那10个蛋白共同的有部分。现在找到的一组48aa的。我是应该从原有那10个蛋白的PDB图谱中看 ...

蛋白质互作时的表位可分为：线性表位和构象表位，所以你要的氨基酸序列未必在结构的表面，或者即使在结构表面也应该是不连续的几段氨基酸序列。更深层次的东西我不是很懂，可以请教一下内行的大虾~
关于PCR克隆指定区域的话，可以在指定区域直接截取约20bp序列作为引物，甚至还可以在引物两端加上你想要的Linker或酶切位点。即使有少量二聚体，也什么大碍，只要能扩出你的目的片段就OK了。为了减少错配的发生，你还可以先对目的片度酶切，以含有目的片段的酶切片段做模板做PCR。
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如果想做好它，就把它视为“朋友”：蛋白质，冷泉港！
6楼2013-02-27 09:54:24
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xjtu0025

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by erahua at 2013-02-27 05:03:07
mark学习下。

对结构不懂。。。
个人感觉既然是想做一个抗体能识别所有的转录体，那应该是要识别它们之间共有的序列吧。
或者是识别共同的构象?
针对构象的抗体，感觉很神秘...还有就是不同的转录体在生理情 ...

没错啊。。我也是有深深地疑问。。。毕竟抗原抗体还是对结构要求蛮严格的吧。。。不过我现在只是想把共同序列克隆下来，做个载体。。后面的事情我就不操心了。。实在不懂。
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7楼2013-02-27 14:30:41
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sunxijunim

新虫 (小有名气)
软件怎么样下载呀？？？
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8楼2014-10-02 00:37:49
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