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jasminezhao金虫 (小有名气)
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[交流]
蛋白质大小的计算已有4人参与
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| 先请教一下各位高手蛋白质的大小怎么求？已知该蛋白质的长为1389aa，相对分子质量为114718.07m.w.,怎么转化成多少KD啊？有的人说，用1389/3*110，还有的人说114718.07/1000及转换成KD。可是为什么两个计算方法的结果不一样呢？希望各位大侠指点迷津！！ |
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2楼2013-02-18 22:10:23
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3楼2013-02-18 23:25:00
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http://web.expasy.org/compute_pi/ 是可以用来计算分子量和等电点 前体是你必须知道全基因或者全氨基酸的序列 用1389/3*110 是根据氨基酸的量来算平均分子量 114718.07/1000及转换成KD 是相对精确的算法，但也还算是平均分子量 |
6楼2013-02-20 17:43:26
jasminezhao
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7楼2013-02-20 18:19:52
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第一种计算方法应该是一种采用平均值的近似计算，但是计算时似乎错了一点儿问题，根据楼主帖中的介绍“已知该蛋白质的长为1389aa，相对分子质量为114718.07m.w.",考虑到20种氨基酸得平均分子量及某些氨基酸在蛋白中的出现概率，在计算蛋白的相对分子量是可近似认为1个氨基酸是110Da，那么1389个氨基酸应该近似为1389*110=152790，即近似为152kD。楼主给出的计算公式好像是认为该蛋白质的编码序列为1389bp，那么除以3得到氨基酸数。但是既然是平均，那么具体的蛋白质中各氨基酸的含量就会与平均值出现差别，因此该值仅作不知道序列时的参考。 楼主给出的第二个数值，应该是使用一些软件计算出的分子量吧。已知道蛋白质的氨基酸序列的情况下，那么该蛋白质的分子式是可以写出的，从而计算出准确的分子量。如果楼主给的第二个数值来源于此，那么该值是可信的。 另外楼主的Western Blot在115kD和51kD均出现条带，不知道楼主使用的什么材料来做的。楼主可以考虑一下几方面，如果是原核表达/体外纯化，是不是该蛋白质在表达过程中由于稀有密码子问题出现截短表达，或纯化过程中存在降解，115kD已经不小了，存在境界的可能性还是很大的。如果是体内材料来做的话，考虑是不是该材料在体内本身就存在两种不同的形式，来行使不同的功能。 希望对楼主有所帮助。 |
8楼2013-02-20 20:59:06