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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请教一个问题，谢谢回复！
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opaler

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 请教一个问题，谢谢回复！

本人没有做过分子模拟，有个问题想请教一下：
我想知道，在水溶液中，某些小分子在蛋白质，如溶菌酶等的表面，通过非共价键结合的情况，不知能否模拟实现！现在还不知到小分子如何选择。
any hint will be appreciable!
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1楼 2013-02-08 20:42:17
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spirte雷

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
至于什么小分子这要在文献中找，但是模拟小分子和蛋白的结合情况是完全可以的，但是有些小分子力场没有它的数据，这需要用到PRODRG跑一下那个小分析，完后加到模拟中
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7楼2013-03-21 07:50:44
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spirte雷

木虫 (小有名气)
★
opaler: 金币+1, 谢谢 2013-05-20 12:50:33
至于什么小分子这要在文献中找，但是模拟小分子和蛋白的结合情况是完全可以的，但是有些小分子力场没有它的数据，这需要用到PRODRG跑一下那个小分子，完后加到模拟中
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8楼2013-03-21 07:51:59
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