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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请教一个问题，谢谢回复！
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opaler

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 请教一个问题，谢谢回复！

本人没有做过分子模拟，有个问题想请教一下：
我想知道，在水溶液中，某些小分子在蛋白质，如溶菌酶等的表面，通过非共价键结合的情况，不知能否模拟实现！现在还不知到小分子如何选择。
any hint will be appreciable!
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1楼 2013-02-08 20:42:17
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spirte雷

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
至于什么小分子这要在文献中找，但是模拟小分子和蛋白的结合情况是完全可以的，但是有些小分子力场没有它的数据，这需要用到PRODRG跑一下那个小分析，完后加到模拟中
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7楼2013-03-21 07:50:44
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opaler

铁杆木虫 (著名写手)
或者我想知道，能否模拟蛋白质和核酸适配体的结合过程
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2楼2013-02-08 21:32:29
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
opaler: 金币+5, 谢谢！有什么不懂的再请教！ 2013-02-10 19:39:40
opaler: 金币+1, 谢谢回复！ 2013-03-07 21:27:26
当然可以

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2013-02-09 18:31:58
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chenjung0825

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-03-03 09:06:32
opaler: 金币+1, 谢谢回复！不懂再请教！ 2013-03-07 21:27:51
可以，但是前提是待研究蛋白的结构已知！
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5楼2013-02-20 12:14:10
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