| 查看: 2512 | 回复: 7 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
hanyanli0475铜虫 (小有名气)
|
[求助]
石墨烯纳米带差分电荷密度
|
|||
|
各位朋友大家好，我现在想计算一下，石墨烯纳米带用氢修饰边缘后的差分电荷密度，我的思路是：1.计算含氢修饰的石墨烯纳米带的自洽，然后再做其对应的电荷密度pp1，2.计算没有被氢修饰的石墨烯纳米带的自洽，然后再做其对应的电荷密度pp2，3.用pp1减去pp2，就得出差分电荷密度了。 但是，在运行最后一步相减时，出现如下错误： from chdens : error # 1 incompatible celldm 大家看看这是怎么回事啊？？？我猜测，由于氢修饰石墨烯纳米带有18个原子，而没有修饰的纳米带有14个原子，所以报错了……，对吗？大家帮帮忙，这两天着急看结果。谢谢大家了。 我贴出输入文件，大家看看。 各位高手帮帮忙啊，现在很着急想想看看这个结果，已经好几天了。谢谢大家了。 1.氢修饰 &CONTROL calculation = 'scf' , restart_mode = 'from_scratch' , outdir = '/tmp/' , pseudo_dir = '/pseudo/' , prefix = 'GNRs1' , etot_conv_thr = 1.0D-5 , forc_conv_thr = 1.0D-4 , tstress = .true. , tprnfor = .true. , / &SYSTEM ibrav = 8, celldm(1) = 12.85444,celldm(2) =2.647059,celldm(3) =0.621529, nat = 18,ntyp = 2, ecutwfc = 125.0 ,ecutrho = 500 ,nosym = .false., occupations = 'smearing' ,degauss = 0.02 ,smearing = 'mp' , / &ELECTRONS conv_thr = 1.0d-8 , mixing_beta = 0.7 , mixing_mode = 'plain' , diagonalization = 'david', / ATOMIC_SPECIES C 12.00000 C.pz-vbc.UPF H 1.00000 H.pz-vbc.UPF ATOMIC_POSITIONS crystal C 0.866030823 0.704519630 0.694313986 C 0.866030561 0.300457518 0.694314669 C 0.866027893 0.434500388 0.701171789 C 0.866027929 0.570477950 0.701171509 C 0.866028609 0.638094818 0.201893797 C 0.866028570 0.366882713 0.201894300 C 0.866027532 0.502489004 0.199704828 C 0.866028510 0.366882792 0.866296944 C 0.866027540 0.502488999 0.868484013 C 0.866028591 0.638094715 0.866297098 C 0.866030847 0.704519700 0.373879718 C 0.866030637 0.300457490 0.373879469 C 0.866027908 0.434500383 0.367017742 C 0.866027925 0.570477984 0.367017815 H 0.866034074 0.757566662 0.818374200 H 0.866034006 0.247411263 0.818376532 H 0.866034046 0.757566942 0.249821844 H 0.866034000 0.247411048 0.249819748 K_POINTS automatic 1 1 21 0 0 0 电荷密度（氢修饰） &inputpp prefix = 'GNRs1', outdir = '/tmp/', filplot = 'GNRscharge1', plot_num= 0 / &plot nfile = 1, filepp(1) = 'GNRscharge1', weight(1) = 1.0, iflag = 3, output_format = 5, fileout = 'GNRs1.rho.dat', x0(1) = 0.0, x0(2) =0.0, x0(3)= 0.0, e1(1) =1.0, e1(2)= 0.0, e1(3) = 0.0, e2(1) =0.0, e2(2)= 1.0, e2(3) = 0.0, e3(1) =0.0, e3(2)= 0.0, e3(3) = 1.0, nx=60, ny=70,nz=100, / 2.没有修饰 &CONTROL calculation = 'scf' , restart_mode = 'from_scratch' , outdir = '/tmp/' , pseudo_dir = '/pseudo/' , prefix = 'GNRs' , etot_conv_thr = 1.0D-5 , forc_conv_thr = 1.0D-4 , tstress = .true. , tprnfor = .true. , / &SYSTEM ibrav = 8, celldm(1) = 12.85444,celldm(2) = 2.64706,celldm(3) =0.621529, nat = 14,ntyp = 1, ecutwfc = 125.0 ,ecutrho = 500 ,nosym = .false., occupations = 'smearing' ,degauss = 0.02 ,smearing = 'mp' , / &ELECTRONS conv_thr = 1.0d-8 , mixing_beta = 0.7 , mixing_mode = 'plain' , diagonalization = 'david', / ATOMIC_SPECIES C 12.00000 C.pz-vbc.UPF ATOMIC_POSITIONS crystal C 0.866030145 0.700155656 0.679081001 C 0.866029909 0.304821192 0.679081287 C 0.866030105 0.434673629 0.700325500 C 0.866030142 0.570303990 0.700325660 C 0.866029908 0.638126091 0.197297690 C 0.866029779 0.366850839 0.197297344 C 0.866029841 0.502488587 0.199817032 C 0.866029844 0.366850921 0.870892872 C 0.866029877 0.502488591 0.868370667 C 0.866029971 0.638126029 0.870892498 C 0.866030295 0.700155402 0.389111299 C 0.866030010 0.304821478 0.389111239 C 0.866030061 0.434673655 0.367863033 C 0.866030114 0.570303941 0.367862876 K_POINTS automatic 1 1 21 0 0 0 电荷密度 &inputpp prefix = 'GNRs2', outdir = '/tmp/', filplot = 'GNRscharge2', plot_num= 0 / &plot nfile = 1, filepp(1) = 'GNRscharge2', weight(1) = 1.0, iflag = 3, output_format = 5, fileout = 'GNRs2.rho.dat', x0(1) = 0.0, x0(2) =0.0, x0(3)= 0.0, e1(1) =1.0, e1(2)= 0.0, e1(3) = 0.0, e2(1) =0.0, e2(2)= 1.0, e2(3) = 0.0, e3(1) =0.0, e3(2)= 0.0, e3(3) = 1.0, nx=60, ny=70,nz=100, / 3.相减 &inputpp / &plot nfile = 2, filepp(1) = 'GNRscharge1', filepp(2) = 'GNRscharge2', weight(1) = 1.0, weight(2) = -1.0, iflag = 3, output_format = 5, fileout = 'GNRsdiff.rho.dat', / |
回复此楼» 猜你喜欢
时间戳又变了8-15
已经有23人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有61人回复
-
filecode=后面第一个是大写字母
已经有7人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有10人回复
-
filecode
已经有12人回复
-
小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊
已经有13人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有7人回复
-
关于Filecode分析方法
已经有13人回复
-
各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。
已经有8人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有22人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 石墨烯的电荷性为什么为负？
已经有10人回复
- 修改RWIGS 维格纳半径之后，差分电荷密度会不会变化
已经有4人回复
- 怎么利用PWSCF计算差分电荷密度
已经有25人回复
- 电荷差分密度
已经有9人回复
- VESTA做的差分电荷密度图分析
已经有20人回复
- 再次求问，差分电荷密度图的定性分析
已经有17人回复
- 双层石墨烯的能带、pdos、以及差分电荷密度
已经有5人回复
- 【求教】电子密度，差分密度，原子电荷这三个之间有什么关系？
已经有7人回复
- vasp如何计算差分电荷密度
已经有7人回复
- 差分电荷密度的计算
已经有11人回复
- 【求助】差分电荷密度
已经有19人回复
- 【请教】石墨烯的密度是多少啊，
已经有8人回复
chenkunkun
铜虫 (小有名气)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 269.6
- 帖子: 145
- 在线: 286.7小时
- 虫号: 2370184
- 注册: 2013-03-23
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
7楼2013-04-18 15:19:59
lfhuang
木虫 (著名写手)
- 应助: 39 (小学生)
- 金币: 3643.6
- 散金: 2141
- 红花: 37
- 帖子: 1432
- 在线: 681.5小时
- 虫号: 505824
- 注册: 2008-02-17
- 性别: GG
- 专业: 金属材料表面科学与工程
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
两个文件里的数据相减，你先要把两个文件中电荷密度之外的信息（比如原子数，原子坐标...应该在文件头）弄成完全一致了。 不过我很怀疑楼主算这样的差分电荷的意义。对于graphene nanoribbon体系的差分电荷处理，类似信息，可以参考下面参考中的公式13和图6： http://iopscience.iop.org/0953-8984/25/5/055304 |
2楼2013-02-01 01:53:42
hanyanli0475
铜虫 (小有名气)
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 173.1
- 散金: 32
- 红花: 3
- 帖子: 296
- 在线: 130.5小时
- 虫号: 1160645
- 注册: 2010-12-02
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
3楼2013-02-01 11:07:31
souledge
专家顾问 (著名写手)
-
专家经验: +174 - 1ST强帖: 19
- 应助: 303 (大学生)
- 金币: 11306.4
- 散金: 1123
- 红花: 108
- 帖子: 2814
- 在线: 916.1小时
- 虫号: 941486
- 注册: 2010-01-12
- 专业: 结构陶瓷
- 管辖: 第一性原理
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hanyanli0475: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2013-02-01 14:13:53
感谢参与，应助指数 +1
hanyanli0475: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2013-02-01 14:13:53
|
出错信息写得再明白不过了，incompatible celldm，不兼容的celldm。什么是celldm？那不就是&system中的celldm(i)参数么？说白了，就是两个结构的尺寸不同。尺寸不同的东西你让电脑怎么减？ 我们知道，差分电荷密度是 另外，补充一下二楼的疑问。二楼的疑问是这么做差分有没有什么物理意义，而不是这么做究竟对不对，是不是正统做差分的方法。事实上，差分这个东西也可以根据自己的需要来自己定义差分的方法。 |
4楼2013-02-01 12:07:58
