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hanyanli0475

铜虫 (小有名气)

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[求助] 石墨烯纳米带差分电荷密度

各位朋友大家好，我现在想计算一下，石墨烯纳米带用氢修饰边缘后的差分电荷密度，我的思路是：1.计算含氢修饰的石墨烯纳米带的自洽，然后再做其对应的电荷密度pp1，2.计算没有被氢修饰的石墨烯纳米带的自洽，然后再做其对应的电荷密度pp2，3.用pp1减去pp2，就得出差分电荷密度了。
但是，在运行最后一步相减时，出现如下错误：
from chdens : error #       1    incompatible celldm

大家看看这是怎么回事啊？？？我猜测，由于氢修饰石墨烯纳米带有18个原子，而没有修饰的纳米带有14个原子，所以报错了……，对吗？大家帮帮忙，这两天着急看结果。谢谢大家了。
我贴出输入文件，大家看看。
各位高手帮帮忙啊，现在很着急想想看看这个结果，已经好几天了。谢谢大家了。
1.氢修饰
&CONTROL
calculation = 'scf' ,
restart_mode = 'from_scratch' ,
outdir = '/tmp/' ,
pseudo_dir = '/pseudo/' ,
prefix = 'GNRs1' ,
etot_conv_thr = 1.0D-5 ,
forc_conv_thr = 1.0D-4 ,
tstress = .true. ,
tprnfor = .true. ,
/
&SYSTEM
ibrav = 8,
celldm(1) = 12.85444,celldm(2) =2.647059,celldm(3) =0.621529,
nat = 18,ntyp = 2,
ecutwfc = 125.0 ,ecutrho = 500 ,nosym = .false.,
occupations = 'smearing' ,degauss = 0.02 ,smearing = 'mp' ,
/
&ELECTRONS
conv_thr = 1.0d-8 ,
mixing_beta = 0.7 ,
mixing_mode = 'plain' ,
diagonalization = 'david',
/
ATOMIC_SPECIES
C 12.00000  C.pz-vbc.UPF
H 1.00000 H.pz-vbc.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
C       0.866030823 0.704519630 0.694313986
C       0.866030561 0.300457518 0.694314669
C       0.866027893 0.434500388 0.701171789
C       0.866027929 0.570477950 0.701171509
C       0.866028609 0.638094818 0.201893797
C       0.866028570 0.366882713 0.201894300
C       0.866027532 0.502489004 0.199704828
C       0.866028510 0.366882792 0.866296944
C       0.866027540 0.502488999 0.868484013
C       0.866028591 0.638094715 0.866297098
C       0.866030847 0.704519700 0.373879718
C       0.866030637 0.300457490 0.373879469
C       0.866027908 0.434500383 0.367017742
C       0.866027925 0.570477984 0.367017815
H       0.866034074 0.757566662 0.818374200
H       0.866034006 0.247411263 0.818376532
H       0.866034046 0.757566942 0.249821844
H       0.866034000 0.247411048 0.249819748
K_POINTS automatic
1 1 21    0 0 0
电荷密度（氢修饰）
&inputpp
prefix  = 'GNRs1',
outdir = '/tmp/',
filplot = 'GNRscharge1',
plot_num= 0
/
&plot
nfile = 1,
filepp(1) = 'GNRscharge1',
weight(1) = 1.0,
iflag = 3,
output_format = 5,
fileout = 'GNRs1.rho.dat',
x0(1) = 0.0, x0(2) =0.0, x0(3)= 0.0,
e1(1) =1.0, e1(2)= 0.0, e1(3) = 0.0,
e2(1) =0.0, e2(2)= 1.0, e2(3) = 0.0,
e3(1) =0.0, e3(2)= 0.0, e3(3) = 1.0,
nx=60, ny=70,nz=100,
/
2.没有修饰
&CONTROL
calculation = 'scf' ,
restart_mode = 'from_scratch' ,
outdir = '/tmp/' ,
pseudo_dir = '/pseudo/' ,
prefix = 'GNRs' ,
etot_conv_thr = 1.0D-5 ,
forc_conv_thr = 1.0D-4 ,
tstress = .true. ,
tprnfor = .true. ,
/
&SYSTEM
ibrav = 8,
celldm(1) = 12.85444,celldm(2) = 2.64706,celldm(3) =0.621529,
nat = 14,ntyp = 1,
ecutwfc = 125.0 ,ecutrho = 500 ,nosym = .false.,
occupations = 'smearing' ,degauss = 0.02 ,smearing = 'mp' ,
/
&ELECTRONS
conv_thr = 1.0d-8 ,
mixing_beta = 0.7 ,
mixing_mode = 'plain' ,
diagonalization = 'david',
/
ATOMIC_SPECIES
C 12.00000  C.pz-vbc.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
C       0.866030145 0.700155656 0.679081001
C       0.866029909 0.304821192 0.679081287
C       0.866030105 0.434673629 0.700325500
C       0.866030142 0.570303990 0.700325660
C       0.866029908 0.638126091 0.197297690
C       0.866029779 0.366850839 0.197297344
C       0.866029841 0.502488587 0.199817032
C       0.866029844 0.366850921 0.870892872
C       0.866029877 0.502488591 0.868370667
C       0.866029971 0.638126029 0.870892498
C       0.866030295 0.700155402 0.389111299
C       0.866030010 0.304821478 0.389111239
C       0.866030061 0.434673655 0.367863033
C       0.866030114 0.570303941 0.367862876
K_POINTS automatic
1 1 21    0 0 0
电荷密度
&inputpp
prefix  = 'GNRs2',
outdir = '/tmp/',
filplot = 'GNRscharge2',
plot_num= 0
/
&plot
nfile = 1,
filepp(1) = 'GNRscharge2',
weight(1) = 1.0,
iflag = 3,
output_format = 5,
fileout = 'GNRs2.rho.dat',
x0(1) = 0.0, x0(2) =0.0, x0(3)= 0.0,
e1(1) =1.0, e1(2)= 0.0, e1(3) = 0.0,
e2(1) =0.0, e2(2)= 1.0, e2(3) = 0.0,
e3(1) =0.0, e3(2)= 0.0, e3(3) = 1.0,
nx=60, ny=70,nz=100,
/

3.相减
&inputpp
/
&plot
nfile = 2,
filepp(1) = 'GNRscharge1',
filepp(2) = 'GNRscharge2',
weight(1) = 1.0,
weight(2) = -1.0,
iflag = 3,
output_format = 5,
fileout = 'GNRsdiff.rho.dat',
/

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什么时候能算完！！！！

1楼 2013-01-31 22:38:10

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hanyanli0475

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您好，谢谢您的回答，这个计算电荷密度的思路，也是在小木虫学习的，文献上也是这样给的。我也会好好看一下您提供的文献，学习一下。今天早上我把原子数改相同了，但是还是不行，您能在帮我看看吗?谢谢哈

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

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什么时候能算完！！！！

3楼2013-02-01 11:07:31

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hanyanli0475

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引用回帖:

4楼: Originally posted by souledge at 2013-02-01 12:07:58
出错信息写得再明白不过了，incompatible celldm，不兼容的celldm。什么是celldm？那不就是&system中的celldm(i)参数么？说白了，就是两个结构的尺寸不同。尺寸不同的东西你让电脑怎么减？
我们知道，差分电 ...

非常感谢您的回答，我看了一下我的晶格常数，设置的都是一样的呀，而且在计算掺杂时，就可以相减，不知道是为何原因？我应该怎样修改呢？

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什么时候能算完！！！！

5楼2013-02-01 14:13:47

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