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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 石墨烯纳米带差分电荷密度
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hanyanli0475

铜虫 (小有名气)

[求助] 石墨烯纳米带差分电荷密度

各位朋友大家好，我现在想计算一下，石墨烯纳米带用氢修饰边缘后的差分电荷密度，我的思路是：1.计算含氢修饰的石墨烯纳米带的自洽，然后再做其对应的电荷密度pp1，2.计算没有被氢修饰的石墨烯纳米带的自洽，然后再做其对应的电荷密度pp2，3.用pp1减去pp2，就得出差分电荷密度了。
但是，在运行最后一步相减时，出现如下错误：
from chdens : error #         1      incompatible celldm

大家看看这是怎么回事啊？？？我猜测，由于氢修饰石墨烯纳米带有18个原子，而没有修饰的纳米带有14个原子，所以报错了……，对吗？大家帮帮忙，这两天着急看结果。谢谢大家了。
我贴出输入文件，大家看看。
各位高手帮帮忙啊，现在很着急想想看看这个结果，已经好几天了。谢谢大家了。
1.氢修饰
&CONTROL
calculation = 'scf' ,
restart_mode = 'from_scratch' ,
outdir = '/tmp/' ,
pseudo_dir = '/pseudo/' ,
prefix = 'GNRs1' ,
etot_conv_thr = 1.0D-5 ,
forc_conv_thr = 1.0D-4 ,
tstress = .true. ,
tprnfor = .true. ,
/
&SYSTEM
ibrav = 8,
celldm(1) = 12.85444,celldm(2) =2.647059,celldm(3) =0.621529,
nat = 18,ntyp = 2,
ecutwfc = 125.0 ,ecutrho = 500 ,nosym = .false.,
occupations = 'smearing' ,degauss = 0.02 ,smearing = 'mp' ,
/
&ELECTRONS
conv_thr = 1.0d-8 ,
mixing_beta = 0.7 ,
mixing_mode = 'plain' ,
diagonalization = 'david',
/
ATOMIC_SPECIES
C    12.00000  C.pz-vbc.UPF
H    1.00000   H.pz-vbc.UPF   
ATOMIC_POSITIONS crystal
C        0.866030823   0.704519630   0.694313986
C        0.866030561   0.300457518   0.694314669
C        0.866027893   0.434500388   0.701171789
C        0.866027929   0.570477950   0.701171509
C        0.866028609   0.638094818   0.201893797
C        0.866028570   0.366882713   0.201894300
C        0.866027532   0.502489004   0.199704828
C        0.866028510   0.366882792   0.866296944
C        0.866027540   0.502488999   0.868484013
C        0.866028591   0.638094715   0.866297098
C        0.866030847   0.704519700   0.373879718
C        0.866030637   0.300457490   0.373879469
C        0.866027908   0.434500383   0.367017742
C        0.866027925   0.570477984   0.367017815
H        0.866034074   0.757566662   0.818374200
H        0.866034006   0.247411263   0.818376532
H        0.866034046   0.757566942   0.249821844
H        0.866034000   0.247411048   0.249819748
K_POINTS automatic
1 1 21     0 0 0
电荷密度（氢修饰）
&inputpp
    prefix  = 'GNRs1',
    outdir = '/tmp/',
    filplot = 'GNRscharge1',
    plot_num= 0
/
&plot
    nfile = 1,
    filepp(1) = 'GNRscharge1',
    weight(1) = 1.0,
    iflag = 3,
    output_format = 5,
    fileout = 'GNRs1.rho.dat',
    x0(1) = 0.0, x0(2) =0.0, x0(3)= 0.0,
    e1(1) =1.0, e1(2)= 0.0, e1(3) = 0.0,
    e2(1) =0.0, e2(2)= 1.0, e2(3) = 0.0,
    e3(1) =0.0, e3(2)= 0.0, e3(3) = 1.0,
    nx=60, ny=70,nz=100,
/
2.没有修饰
&CONTROL
calculation = 'scf' ,
restart_mode = 'from_scratch' ,
outdir = '/tmp/' ,
pseudo_dir = '/pseudo/' ,
prefix = 'GNRs' ,
etot_conv_thr = 1.0D-5 ,
forc_conv_thr = 1.0D-4 ,
tstress = .true. ,
tprnfor = .true. ,
/
&SYSTEM
ibrav = 8,
celldm(1) = 12.85444,celldm(2) = 2.64706,celldm(3) =0.621529,
nat = 14,ntyp = 1,
ecutwfc = 125.0 ,ecutrho = 500 ,nosym = .false.,
occupations = 'smearing' ,degauss = 0.02 ,smearing = 'mp' ,
/
&ELECTRONS
conv_thr = 1.0d-8 ,
mixing_beta = 0.7 ,
mixing_mode = 'plain' ,
diagonalization = 'david',
/
ATOMIC_SPECIES
C 12.00000  C.pz-vbc.UPF  
ATOMIC_POSITIONS crystal
C        0.866030145   0.700155656   0.679081001
C        0.866029909   0.304821192   0.679081287
C        0.866030105   0.434673629   0.700325500
C        0.866030142   0.570303990   0.700325660
C        0.866029908   0.638126091   0.197297690
C        0.866029779   0.366850839   0.197297344
C        0.866029841   0.502488587   0.199817032
C        0.866029844   0.366850921   0.870892872
C        0.866029877   0.502488591   0.868370667
C        0.866029971   0.638126029   0.870892498
C        0.866030295   0.700155402   0.389111299
C        0.866030010   0.304821478   0.389111239
C        0.866030061   0.434673655   0.367863033
C        0.866030114   0.570303941   0.367862876
K_POINTS automatic
1 1 21     0 0 0
电荷密度
&inputpp
    prefix  = 'GNRs2',
    outdir = '/tmp/',
    filplot = 'GNRscharge2',
    plot_num= 0
/
&plot
    nfile = 1,
    filepp(1) = 'GNRscharge2',
    weight(1) = 1.0,
    iflag = 3,
    output_format = 5,
    fileout = 'GNRs2.rho.dat',
    x0(1) = 0.0, x0(2) =0.0, x0(3)= 0.0,
    e1(1) =1.0, e1(2)= 0.0, e1(3) = 0.0,
    e2(1) =0.0, e2(2)= 1.0, e2(3) = 0.0,
    e3(1) =0.0, e3(2)= 0.0, e3(3) = 1.0,
    nx=60, ny=70,nz=100,
/

3.相减
&inputpp
/
&plot
    nfile = 2,
    filepp(1) = 'GNRscharge1',
    filepp(2) = 'GNRscharge2',
    weight(1) = 1.0,
    weight(2) = -1.0,
    iflag = 3,
    output_format = 5,
    fileout = 'GNRsdiff.rho.dat',
/
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什么时候能算完！！！！
1楼 2013-01-31 22:38:10
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lfhuang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
两个文件里的数据相减，你先要把两个文件中电荷密度之外的信息（比如原子数，原子坐标...应该在文件头）弄成完全一致了。
不过我很怀疑楼主算这样的差分电荷的意义。对于graphene nanoribbon体系的差分电荷处理，类似信息，可以参考下面参考中的公式13和图6：
http://iopscience.iop.org/0953-8984/25/5/055304
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先进使役材料计算（https://aidme.nimte.ac.cn）
2楼2013-02-01 01:53:42
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hanyanli0475

铜虫 (小有名气)
您好，谢谢您的回答，这个计算电荷密度的思路，也是在小木虫学习的，文献上也是这样给的。我也会好好看一下您提供的文献，学习一下。今天早上我把原子数改相同了，但是还是不行，您能在帮我看看吗?谢谢哈

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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什么时候能算完！！！！
3楼2013-02-01 11:07:31
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souledge

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hanyanli0475: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2013-02-01 14:13:53
引用回帖:
from chdens : error #         1      incompatible celldm

出错信息写得再明白不过了，incompatible celldm，不兼容的celldm。什么是celldm？那不就是&system中的celldm(i)参数么？说白了，就是两个结构的尺寸不同。尺寸不同的东西你让电脑怎么减？
我们知道，差分电荷密度是，只有每个xyz能对应完全相同才有意义。
另外，补充一下二楼的疑问。二楼的疑问是这么做差分有没有什么物理意义，而不是这么做究竟对不对，是不是正统做差分的方法。事实上，差分这个东西也可以根据自己的需要来自己定义差分的方法。
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思想重于技巧，内涵重于表象
4楼2013-02-01 12:07:58
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hanyanli0475

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by souledge at 2013-02-01 12:07:58
出错信息写得再明白不过了，incompatible celldm，不兼容的celldm。什么是celldm？那不就是&system中的celldm(i)参数么？说白了，就是两个结构的尺寸不同。尺寸不同的东西你让电脑怎么减？
我们知道，差分电 ...

非常感谢您的回答，我看了一下我的晶格常数，设置的都是一样的呀，而且在计算掺杂时，就可以相减，不知道是为何原因？我应该怎样修改呢？
赞一下 回复此楼
什么时候能算完！！！！
5楼2013-02-01 14:13:47
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hanyanli0475

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by souledge at 2013-02-01 12:07:58
出错信息写得再明白不过了，incompatible celldm，不兼容的celldm。什么是celldm？那不就是&system中的celldm(i)参数么？说白了，就是两个结构的尺寸不同。尺寸不同的东西你让电脑怎么减？
我们知道，差分电 ...

谢谢回答，问题解决，celldm（2）中，就差了一点点，呵呵。谢谢您。
赞一下 回复此楼
什么时候能算完！！！！
6楼2013-02-01 15:57:03
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chenkunkun

铜虫 (小有名气)
请问楼主你这加氢的石墨带在scf算之前 有没有进行relax呢
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努力
7楼2013-04-18 15:19:59
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18810950811

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by souledge at 2013-02-01 12:07:58
出错信息写得再明白不过了，incompatible celldm，不兼容的celldm。什么是celldm？那不就是&system中的celldm(i)参数么？说白了，就是两个结构的尺寸不同。尺寸不同的东西你让电脑怎么减？
我们知道，差分电荷密 ...

计算车纷电荷密度的时候要设置nx，ny  。 这个设置的根据是什么呢  希望能给将截一下 谢谢啊
赞一下 回复此楼
8楼2015-10-24 10:08:46
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