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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 求助N-H上H原子位置
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桐叶下飘雨

木虫 (著名写手)

台湾省委副书记、省长滨溪桥

[求助] 求助N-H上H原子位置

审稿人意见
Please refine the N-H Hydrogen atom positions rather than placing them in calculated positions. If they do not refine very well, then please use distance constraints.
Please also add information on how the absolute configuration was derived.

让我改进N上H原子的位置 不要仅仅使用计算位置 如果数据不好 要我使用距离进行约束 在我的配合物中 因为是通过N-H...O氢键作用形成的一维二维结构 所以的确这个N-H数据可以被他揪出来

求教大家 这些个H原子的位置 在开始时的X射线单晶衍射的时候有没有被采集？是不是所有的原子位置都采集了包括氢原子 但是像H原子这样一般在最后的解析中 只是简单的通过理论计算直接给出 而不是完整的对氢原子进行解析？

同时 请问如何添加信息解释对绝对构型的推导？

很罗嗦的问题 真的麻烦大家了 谢谢各位虫子~~
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台湾省委副书记、省长江大桥
1楼 2013-01-27 22:49:04
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tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
桐叶下飘雨: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢~ 2013-01-28 04:14:39
linhua0402313: 金币+1, 鼓励回帖交流，欢迎常来晶体版 2013-01-28 08:14:56
1. N-bound H atom 可以从Q峰群里取得（如果数据足够好的话），之后refine freely，而不是用hadd指令加氢。
2. 我们这里是用cu radiation来determine absolute configuration。
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2楼2013-01-27 23:53:18
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244073931

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
桐叶下飘雨: 金币+20, ★★★很有帮助, 非常感谢 O(∩_∩)O~ 2013-01-28 21:28:53
1. N- H 用Q峰指定，如果周围没有Q峰，就加大ins文件中命令plan 的数量， 如plan  50 找到合适的Q峰，并限定NH键长（0.86  0.01 N H），之后再refine  至收敛。
2.由于你是配合物不知是何金属，大于Si的Mo靶也可定构型，在实验部分说明即可。
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3楼2013-01-28 17:43:36
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