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ter20

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问虚原子和空原子的区别 已有5人参与

一直不清楚虚原子(dummy atom)和空原子(ghost atom)的区别,也不清楚各有什么用途,麻烦知情者给些指点吧,谢谢
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT


ter20(金币+1):谢谢参与
ter20(金币+1):谢谢,希望还想知道空原子除了做BSSE还有什么用途 2010-06-28 11:26:00
虚原子(dummy atom)只是为了构建分子z-matrix坐标用的,不影响体系能量。。
空原子(ghost atom)不仅提供坐标,还提供基函数,参与和影响分子的能量运算,主要是用来做BSSE校正的。。
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭,其实这是修养不足学识浅薄的一种体现,也是可恶的偏执和愚蠢的自以
2楼2010-06-28 11:20:28
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家


ter20(金币+1):谢谢参与
ter20(金币+1):多谢啦,回答的好详细 2010-06-28 13:06:20
dummy atom是空间的一个点,这个点本没有原子,只是为了定义坐标(一般是z矩阵)方便才加入的。例如,为了避免180度二面角产生的问题,就需要加入dummy atom。dummy atom不影响对称性。

ghost atom有对应的真实原子(例如C、H、O),区别在于,ghost atom所在的位置没有原子所对应的原子核和电子,但是由于存在以ghost atom为中心的基函数,所以在分子体系中会有少量的电子分布。ghost atom通常用来做BSSE矫正。

[ Last edited by beefly on 2010-6-28 at 11:29 ]
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
3楼2010-06-28 11:25:13
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tjuZidan

木虫 (小有名气)


ter20(金币+1):谢谢参与
to 楼上:虚原子是为了避免180°的键角,不是二面角
别以后想起又是遗憾
4楼2010-06-28 15:47:53
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lixiaocat

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
用虚原子避免180角的情况时,虚原子的原子编号不能在最后一位。是有这样的说法吗?为什么呢
飞蛾扑火
5楼2011-06-02 13:52:46
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海边的风

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问MS里怎么设置dummy atoms,求具体步骤
只要自己尽力了,就一切ok了,无论成功与否
6楼2014-12-18 15:26:57
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