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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求助生物专业虫友：详细查询蛋白二级结构的方法
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hsd3521

主管区长 (知名作家)

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[求助] 求助生物专业虫友：详细查询蛋白二级结构的方法

我做了红外，并对改蛋白的二级结构进行了分析，现在想在数据库中进行比对，但是在PDB等数据库中看到的是该种蛋白的三级结构，所以特向虫友请教如何查找特定蛋白的二级结构（螺旋、折叠等信息），因为非生物学专业，烦请详细指教，谢谢
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蛋白质二级结构

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太胖了！~
1楼 2013-01-25 08:20:34
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
hsd3521: 金币+1, ★有帮助, 谢谢 2013-01-25 12:24:45
https://au.expasy.org/tools/里面有蛋白质二级结构预测的
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2楼2013-01-25 08:37:58
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zhang881007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hsd3521: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-01-25 12:24:55
zhou-Fassman 方法是用于判断二级结构的方法，zhou，是中国人，邹承鲁先生
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shine
3楼2013-01-25 08:58:44
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hsd3521

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引用回帖:
3楼: Originally posted by zhang881007 at 2013-01-25 08:58:44
zhou-Fassman 方法是用于判断二级结构的方法，zhou，是中国人，邹承鲁先生

非常感谢您的帮助，我已经按照这个方法做了二级结构预测，但是如何得到比如螺旋、折叠等二级结构所占的比例那？请指教，谢谢
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太胖了！~
4楼2013-01-25 12:24:26
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hsd3521

主管区长 (知名作家)

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引用回帖:
3楼: Originally posted by zhang881007 at 2013-01-25 08:58:44
zhou-Fassman 方法是用于判断二级结构的方法，zhou，是中国人，邹承鲁先生

比如说这个结果
Total Residues: H: 579   E: 484   T: 127  
       Percent: H: 58.6  E: 49.0  T: 12.9
为什么没有无规卷曲的比例
另外这个百分率是大于100的
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太胖了！~
5楼2013-01-25 13:00:46
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hsd3521: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-01-25 18:00:42
interpro是个综合性的蛋白质数据库，集成了很多二级结构数据库，比如pfam, prints 。。。
EMBOSS是个免费的生物信息软件包，里面也有很多预测二级结构的软件
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6楼2013-01-25 15:33:40
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hsd3521

主管区长 (知名作家)

火星驻地球联络处主任科员

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太胖了！~
7楼2013-01-25 18:00:11
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hsd3521

主管区长 (知名作家)

火星驻地球联络处主任科员

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太胖了！~
8楼2013-01-25 18:03:33
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hsd3521

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火星驻地球联络处主任科员

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太胖了！~
9楼2013-01-25 18:04:23
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hellen1987

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
红外做好了，在1600-1700波段不是代表的是蛋白质二级结构的信息吗？然后对图谱进行去卷积和二阶导师求导，然后再peakfit或者origin中对峰进行拟合和百分比分析，就得到各二级结构所占的比例
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10楼2013-01-25 18:12:09
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