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sweety0807

新虫 (初入文坛)

[求助] 求高人看看这个电子密度图是用什么命令做出来的

求高人看看这个电子密度图是用什么命令做出来的
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1楼 2013-01-21 15:14:26
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

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12楼: Originally posted by sweety0807 at 2013-01-23 14:57:10
我这么做过，但是导出的图跟GW里面显示的不一样，导出的特别难看
...

我的做法是 先用Gaussian做出density和EP的cube 然后用vmd找density的cube的isovalue面，然后再这个面上绘制EP
GaussView好久不用了

[ Last edited by yjcmwgk on 2013-1-23 at 16:02 ]
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13楼2013-01-23 16:01:18
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yanrding

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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gmy1990: 金币+2 2013-01-21 20:17:16
Gview应该就可以吧。
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华北电力大学（北京）数理学院，计算化学，凝聚态物理。欢迎合作！招硕士/博士研究生，招老师。
2楼2013-01-21 15:51:05
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sweety0807

新虫 (初入文坛)
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2楼: Originally posted by yanrding at 2013-01-21 15:51:05
Gview应该就可以吧。

是的，我是想问这种应该是哪种电子密度，是total density还是alpha density还是ESP，另外在linux下降fchk转换成相应的cub的命令是什么呢？
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3楼2013-01-21 16:12:44
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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【答案】应助回帖

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3楼: Originally posted by sweety0807 at 2013-01-21 16:12:44
是的，我是想问这种应该是哪种电子密度，是total density还是alpha density还是ESP，另外在linux下降fchk转换成相应的cub的命令是什么呢？...

这不像电子密度图 更像ESP图
ESP图不是电子密度图
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4楼2013-01-21 16:29:06
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sweety0807

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yjcmwgk at 2013-01-21 16:29:06
这不像电子密度图 更像ESP图
ESP图不是电子密度图...

文献中的描述是这样的：Molecular electrostatic potential mapped on the electron density isosurface
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5楼2013-01-21 16:31:08
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

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【答案】应助回帖

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gmy1990: 金币+3 2013-01-21 20:17:25
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5楼: Originally posted by sweety0807 at 2013-01-21 16:31:08
文献中的描述是这样的：Molecular electrostatic potential mapped on the electron density isosurface...

晕啊 你自己翻译一下不就理解了……
人家文献中说的是分子静电势在电子密度等值面的绘图（就是EP在电子密度等值面的投影，一般称为ESP）
这跟电子密度本身没什么直接关系 有间接关系
电子密度在这里提供两个东西：1是给ESP提供绘图用的等值面 2是给EP函数提供一部分自变量（另一部分自变量由原子核提供）
看来我果然没猜错，确实是ESP……
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6楼2013-01-21 16:47:01
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sweety0807

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yjcmwgk at 2013-01-21 16:47:01
晕啊 你自己翻译一下不就理解了……
人家文献中说的是分子静电势在电子密度等值面的绘图（就是EP在电子密度等值面的投影，一般称为ESP）
这跟电子密度本身没什么直接关系 有间接关系
电子密度在这里提供 ...

太好了，大神，我想问一下我有fchk文件能在linux下直接转换成能画出这种图的cub文件吗？或者告诉我分几步也行，我不是做分子模拟的，但是刚好研究当中用到了就现学现卖了，比较急用，有机会我会仔细研究的，谢谢大神！！！！
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7楼2013-01-21 19:20:32
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)

蓝博士

【答案】应助回帖

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感觉应该是alpha density。
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蓝精灵
8楼2013-01-21 19:55:18
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by sweety0807 at 2013-01-21 19:20:32
太好了，大神，我想问一下我有fchk文件能在linux下直接转换成能画出这种图的cub文件吗？或者告诉我分几步也行，我不是做分子模拟的，但是刚好研究当中用到了就现学现卖了，比较急用，有机会我会仔细研究的，谢谢大 ...

用你的GV直接打开fchk
然后直接选择ESP作图即可（点击后要等1分钟到20分钟，给GV计算的时间）
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9楼2013-01-21 20:05:06
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sweety0807

新虫 (初入文坛)
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9楼: Originally posted by yjcmwgk at 2013-01-21 20:05:06
用你的GV直接打开fchk
然后直接选择ESP作图即可（点击后要等1分钟到20分钟，给GV计算的时间）...

win下就可以吗？
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10楼2013-01-21 21:03:20
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