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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助完毕】这篇JACS的communicaton是如何从电荷密度图看出共价键来的？
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

[交流] 【求助完毕】这篇JACS的communicaton是如何从电荷密度图看出共价键来的？


是如何从上图看出共价键的





这篇文章是用vasp算的。
Nature of Cl Bonding on the Au(111) surface: Evidence of a Mainly Covalent Interaction
DOI: 10.1021/ja7109234

[ Last edited by cenwanglai on 2011-3-19 at 15:45 ]
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1楼 2011-02-28 21:36:14
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
★
cenwanglai(金币+2): 嗯。呵呵。可能也是关系户。作者和他的导师是哈佛的。 2011-03-01 08:30:16
zzy870720z(金币+1): 谢谢参与讨论 2011-03-01 08:31:19
共价键的方向性吧，其实这个图看不出什么来，还是要看差分电荷密度与态密度
PS: 想不到这样的文章也能发JACS
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2楼2011-03-01 00:27:38
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wei.ji

木虫 (正式写手)
cenwanglai(金币+2): 呵呵。图1a是明显的。但是图3似乎不明显。 2011-03-01 09:08:04
这篇文章是比较彪悍，不过fig1(a)可以很明显的看出是共价键特征，呵呵~
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3楼2011-03-01 08:47:25
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by wei.ji at 2011-03-01 08:47:25:
这篇文章是比较彪悍，不过fig1(a)可以很明显的看出是共价键特征，呵呵~

作者给出图3来，这个是针对图2中标星号的Cl,Au未“匹配”好的强峰来做电荷密度的。这种分析思路我觉得挺好。这个能量窗口的电荷密度图视化方法，什么工具可以比较方便完成？
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4楼2011-03-01 09:10:42
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lgxyz

铜虫 (正式写手)
★ ★
cenwanglai(金币+2): 呵呵，谢谢参与！ 2011-03-01 11:06:55
zzy870720z(金币+2): 谢谢讨论 2011-03-01 11:53:19
这篇文章之所以能上jacs，是因为它打破了人们普遍认为的电负性大的Cl与金属形成的都是离子键，而Cl与Au形成的确是共价键，原因二者的电负性差别较小。
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5楼2011-03-01 10:19:01
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wei.ji

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
zzy870720z(金币+3): 谢谢讨论交流 2011-03-01 22:31:33
cenwanglai(金币+4): 嗯，呵呵。那Au的其他几个d轨道估计也参与了杂化。 2011-03-02 08:33:58
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-03-01 09:10:42:
作者给出图3来，这个是针对图2中标星号的Cl,Au未“匹配”好的强峰来做电荷密度的。这种分析思路我觉得挺好。这个能量窗口的电荷密度图视化方法，什么工具可以比较方便完成？

1、那个星号峰，和下面Au的峰是匹配的很好的，不然那里来的共价键。。。
2、这个可以用decomposed charge density 搞定
3、这种方法已经用了很多年了
4、Fig3的意思大概是说，"看，我们发现Cl和Au有个杂化态，三个dz2轨道那里摆着，还有明显的方向性"等等。。。

[ Last edited by wei.ji on 2011-3-1 at 20:16 ]
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6楼2011-03-01 20:05:14
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wei.ji

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢讨论 2011-03-01 22:31:49
cenwanglai(金币+2): 谢谢，呵呵。 2011-03-02 08:34:19
引用回帖:
Originally posted by lgxyz at 2011-03-01 10:19:01:
这篇文章之所以能上jacs，是因为它打破了人们普遍认为的电负性大的Cl与金属形成的都是离子键，而Cl与Au形成的确是共价键，原因二者的电负性差别较小。

这个。。。那是他们说的，其实人们并不是普遍认为Cl-Au(surface)之间是离子键。。。

连MgO都被认为有明显的共价键成分，想想呀，Mg比Au的金属性强很多很多，O跟Cl电负性差不多，或许还大点，所以Au-Cl怎么可能是离子键？

Kaxiras大叔的忽悠功力真的很强。。。
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7楼2011-03-01 20:12:29
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by wei.ji at 2011-03-01 20:05:14:
1、那个星号峰，和下面Au的峰是匹配的很好的，不然那里来的共价键。。。
2、这个可以用decomposed charge density 搞定
3、这种方法已经用了很多年了
4、Fig3的意思大概是说，"看，我们发现Cl和Au有个 ...

作者只是挑出了Au的dz2这个轨道来分析。实际上从fig.2来看，Au的其它d轨道也是参数与杂化的。可以进一步分析每个d轨道参与杂化和对形成共价键的贡献。从fig.1 似乎也能明显看出Au的dz2轨道（看起来也像p轨道）指向Cl的中线上失去电子参与共价键成键的。

[ Last edited by cenwanglai on 2011-3-2 at 08:43 ]
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8楼2011-03-02 08:35:09
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by wei.ji at 2011-03-01 20:05:14:
1、那个星号峰，和下面Au的峰是匹配的很好的，不然那里来的共价键。。。
2、这个可以用decomposed charge density 搞定
3、这种方法已经用了很多年了
4、Fig3的意思大概是说，"看，我们发现Cl和Au有个 ...

decomposed charge density就是VASP手册上6.59节band decomposed charge density?这个没有算过呢。有什么需要注意的？方便的话给篇文章链接看看。
嗯，翻了一下老帖子，已经有了不少参考索引。谢谢wei.ji!
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2723174

[ Last edited by cenwanglai on 2011-3-2 at 08:56 ]
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9楼2011-03-02 08:53:58
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anin

木虫 (著名写手)
cenwanglai(金币+2): 呵呵，我问的是fig.3中怎么看出共价键。 2011-03-02 18:39:39
fig 1 中的成键（红色）有明显的方向性，不是共价键是什么。。
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10楼2011-03-02 16:39:38
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why520

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ellsaking(金币+1): 谢谢交流 2011-04-19 10:19:46
figure 1(a)中Cl和Au之间有明显的电荷积聚，也有方向性，这就是共价键的特征
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11楼2011-03-26 15:19:16
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anin

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ellsaking(金币+1): 谢谢交流 2011-04-19 10:20:05
共价键的特点就是饱和性和方向性！
有特定方向的电荷聚集，不是共价键是什么。。
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12楼2011-04-19 09:31:40
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nfsex

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
62868楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-02-28 21:36:14
是如何从上图看出共价键的



这篇文章是用vasp算的。
Nature of Cl Bonding on the Au(111) surface: Evidence of a Mainly Covalent Interaction
DOI: 10.1021/ja7109234
...

请问楼主，这两幅图是怎么做出来的呢？用什么软件做的呢？
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13楼2012-11-29 11:55:31
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