应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 求高人看看这个电子密度图是用什么命令做出来的
151/2返回列表12下一页
查看: 1610  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

sweety0807

新虫 (初入文坛)

[求助] 求高人看看这个电子密度图是用什么命令做出来的

求高人看看这个电子密度图是用什么命令做出来的
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gaussian 专题 计算化学

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-01-21 15:14:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by sweety0807 at 2013-01-23 14:57:10
我这么做过，但是导出的图跟GW里面显示的不一样，导出的特别难看
...

我的做法是 先用Gaussian做出density和EP的cube 然后用vmd找density的cube的isovalue面，然后再这个面上绘制EP
GaussView好久不用了

[ Last edited by yjcmwgk on 2013-1-23 at 16:02 ]
赞一下(1人) 回复此楼
13楼2013-01-23 16:01:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

yanrding

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2013-01-21 20:17:16
Gview应该就可以吧。
赞一下 回复此楼
华北电力大学（北京）数理学院，计算化学，凝聚态物理。欢迎合作！招硕士/博士研究生，招老师。
2楼2013-01-21 15:51:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sweety0807

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yanrding at 2013-01-21 15:51:05
Gview应该就可以吧。

是的，我是想问这种应该是哪种电子密度，是total density还是alpha density还是ESP，另外在linux下降fchk转换成相应的cub的命令是什么呢？
赞一下 回复此楼
3楼2013-01-21 16:12:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by sweety0807 at 2013-01-21 16:12:44
是的，我是想问这种应该是哪种电子密度，是total density还是alpha density还是ESP，另外在linux下降fchk转换成相应的cub的命令是什么呢？...

这不像电子密度图 更像ESP图
ESP图不是电子密度图
赞一下 回复此楼
4楼2013-01-21 16:29:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sweety0807

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yjcmwgk at 2013-01-21 16:29:06
这不像电子密度图 更像ESP图
ESP图不是电子密度图...

文献中的描述是这样的：Molecular electrostatic potential mapped on the electron density isosurface
赞一下 回复此楼
5楼2013-01-21 16:31:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gmy1990: 金币+3 2013-01-21 20:17:25
引用回帖:
5楼: Originally posted by sweety0807 at 2013-01-21 16:31:08
文献中的描述是这样的：Molecular electrostatic potential mapped on the electron density isosurface...

晕啊 你自己翻译一下不就理解了……
人家文献中说的是分子静电势在电子密度等值面的绘图（就是EP在电子密度等值面的投影，一般称为ESP）
这跟电子密度本身没什么直接关系 有间接关系
电子密度在这里提供两个东西：1是给ESP提供绘图用的等值面 2是给EP函数提供一部分自变量（另一部分自变量由原子核提供）
看来我果然没猜错，确实是ESP……
赞一下 回复此楼
6楼2013-01-21 16:47:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sweety0807

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yjcmwgk at 2013-01-21 16:47:01
晕啊 你自己翻译一下不就理解了……
人家文献中说的是分子静电势在电子密度等值面的绘图（就是EP在电子密度等值面的投影，一般称为ESP）
这跟电子密度本身没什么直接关系 有间接关系
电子密度在这里提供 ...

太好了，大神，我想问一下我有fchk文件能在linux下直接转换成能画出这种图的cub文件吗？或者告诉我分几步也行，我不是做分子模拟的，但是刚好研究当中用到了就现学现卖了，比较急用，有机会我会仔细研究的，谢谢大神！！！！
赞一下 回复此楼
7楼2013-01-21 19:20:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)

蓝博士

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
感觉应该是alpha density。
赞一下 回复此楼
蓝精灵
8楼2013-01-21 19:55:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by sweety0807 at 2013-01-21 19:20:32
太好了，大神，我想问一下我有fchk文件能在linux下直接转换成能画出这种图的cub文件吗？或者告诉我分几步也行，我不是做分子模拟的，但是刚好研究当中用到了就现学现卖了，比较急用，有机会我会仔细研究的，谢谢大 ...

用你的GV直接打开fchk
然后直接选择ESP作图即可（点击后要等1分钟到20分钟，给GV计算的时间）
赞一下 回复此楼
9楼2013-01-21 20:05:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sweety0807

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by yjcmwgk at 2013-01-21 20:05:06
用你的GV直接打开fchk
然后直接选择ESP作图即可（点击后要等1分钟到20分钟，给GV计算的时间）...

win下就可以吗？
赞一下 回复此楼
10楼2013-01-21 21:03:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sweety0807 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭