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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » ncbi比对完是不可培养的怎么回事？急！
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wxy337

新虫 (初入文坛)

[求助] ncbi比对完是不可培养的怎么回事？急！

我做的是纯菌培养，测序完在ncbi比对后有几个都是不可培养的菌株，我想知道这是怎么回事？
我不知道是否可以算作是一个新种？求高手指点啊~~~谢谢了
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1楼 2012-12-21 17:51:44
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dgm1208

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
scelab: 金币+2, 谢谢交流 2012-12-23 13:44:20
不知道你做的是什么菌啊？我们实验室做的是细菌，一般是看后面的最大相似度，低于百分之九十的就有戏啊···
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科研路艰辛···
2楼2012-12-21 18:04:37
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有可能是新种，但要鉴定过才知道的。
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
3楼2012-12-22 14:13:41
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wxy337

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dgm1208 at 2012-12-21 18:04:37
不知道你做的是什么菌啊？我们实验室做的是细菌，一般是看后面的最大相似度，低于百分之九十的就有戏啊···

我做的是嗜盐菌，但是低于90%的几率太少了，只是发现了不可培养的~
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4楼2012-12-22 15:36:42
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wxy337

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2012-12-22 14:13:41
有可能是新种，但要鉴定过才知道的。

进一步鉴定你是指做DNA杂交吗？还有生理生化性质是吗？
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5楼2012-12-22 15:37:39
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wubingqi

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
scelab: 金币+3, 谢谢交流 2012-12-23 13:44:35
你比对出来的结果都是不可培养的呢，还是在显示那一页里有的可培养有的是不可培养的？如果存在一些可培养的，那你就找那些的模式菌株和你的序列进行比对。或是再这个网站http://147.47.212.35:8080/index.jsp比对下试试，这里出现的结果都是模式菌
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6楼2012-12-22 15:45:32
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wxy337

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wubingqi at 2012-12-22 15:45:32
你比对出来的结果都是不可培养的呢，还是在显示那一页里有的可培养有的是不可培养的？如果存在一些可培养的，那你就找那些的模式菌株和你的序列进行比对。或是再这个网站http://147.47.212.35:8080/index.jsp比对下 ...

我比对完有一个序列的结果都是不可培养的~
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7楼2012-12-22 16:23:40
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by wubingqi at 2012-12-22 15:45:32
你比对出来的结果都是不可培养的呢，还是在显示那一页里有的可培养有的是不可培养的？如果存在一些可培养的，那你就找那些的模式菌株和你的序列进行比对。或是再这个网站http://147.47.212.35:8080/index.jsp比对下 ...

Very Important Notice:
We introduce the new version of EzTaxon identification service, called EzTaxon-e.
Please move to new site at http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/ which now has new citation (click here to see; email me at jchun[at]snu.ac.kr, if you need the pdf file). This site (www.eztaxon.org) will be maintained until June, 2012, but its database will be no longer updated with new data. Therefore, you should not use it for your publication.
We apologize for not providing the service of transferring your data to new site.
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
8楼2012-12-22 17:13:01
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dgm1208

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

不好意思楼主，写错了，是低于99%的就有可能是新种，如果是97%及其以下，就八九不离十了···
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科研路艰辛···
9楼2012-12-23 08:21:00
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wubingqi

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2012-12-22 17:13:01
Very Important Notice:
We introduce the new version of EzTaxon identification service, called EzTaxon-e.
Please move to new site at http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/ which now has new citation (cli ...

哦，不好意思没注意，好久没用了。那就去那个新的站点吧
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10楼2012-12-23 12:48:10
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