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铜虫 (小有名气)

[求助] 两张DGGE图如何做PCA分析

两张DGGE图如何做PCA分析
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1楼 2012-12-01 10:44:35
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mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zhang8826857: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-25 23:27:20
单凭DGGE条带位置有无转换呢成二进制数据分析好像不科学吧。我觉得比较科学的方法是要把条带亮度考虑进去，理论上讲，每个条带可以代表一个物种或者OTU，那么条带的亮度就代表这个物种在整个群落结构中的相对丰度，所以条带测序结果结合条带亮度得到的物种数据就是比较合理的可以做PCA分析的数据。至于其他多样性指数之类的，根据计算方法看，已经把这些都考虑进去了，所以可以直接用。
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10楼2012-12-19 12:49:09
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TloveG

铜虫 (小有名气)
虽然保证两个图的条件尽量一致，但还是会有误差，我想问的是，能不能把两张图的所有条带克隆测序做成系统发育树分析，然后把发育树根据相似度和聚类，分成几个大类，根据每种处理在每个聚类中出现的次数（出现记1，不出现0）进行PCA分析。
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2楼2012-12-01 11:01:14
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kingleo99

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励交流 2012-12-01 17:16:06
这个想法是可以试试的。我们一般做DGGE的PCA分析可以是每个样品之间的多样性指数，微生物群落结构来做的PCA,不防你可以试试。
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科学就是发现规律，而规律是上帝创造的，认识独一上帝就是智慧。
3楼2012-12-01 11:25:00
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TloveG

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by TloveG at 2012-12-01 11:01:14
虽然保证两个图的条件尽量一致，但还是会有误差，我想问的是，能不能把两张图的所有条带克隆测序做成系统发育树分析，然后把发育树根据相似度和聚类，分成几个大类，根据每种处理在每个聚类中出现的次数（出现记1， ...

有人这样做过吗
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4楼2012-12-01 14:14:16
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TloveG

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by kingleo99 at 2012-12-01 11:25:00
这个想法是可以试试的。我们一般做DGGE的PCA分析可以是每个样品之间的多样性指数，微生物群落结构来做的PCA,不防你可以试试。

不知这样做合理吗
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5楼2012-12-01 14:14:43
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铜虫 (小有名气)
有没有人这样做过啊
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6楼2012-12-01 14:58:46
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京城风雪

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by kingleo99 at 2012-12-01 11:25:00
这个想法是可以试试的。我们一般做DGGE的PCA分析可以是每个样品之间的多样性指数，微生物群落结构来做的PCA,不防你可以试试。

能具体说说吗？在得到DGGE图谱后用输出数据得出Simpson指数、Shannon-Wiener指数，这些指数怎么用作PCA的数据呢？就解~
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7楼2012-12-02 20:43:47
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zhaowang522

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zhang8826857: 金币+3, 鼓励新虫 2012-12-25 23:27:30
引用回帖:
2楼: Originally posted by TloveG at 2012-12-01 11:01:14
虽然保证两个图的条件尽量一致，但还是会有误差，我想问的是，能不能把两张图的所有条带克隆测序做成系统发育树分析，然后把发育树根据相似度和聚类，分成几个大类，根据每种处理在每个聚类中出现的次数（出现记1， ...

你能把所有的条带都克隆测序了？不甚清晰的条带、很贴近的条带不好处理呀！ 能教教我PCA分析要用什么类型的数据？是DGGE图谱中条带的存在情况(此位置有条带记为1，无记为0)的数据吗？还是每个样品的多样性指数值？
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8楼2012-12-18 22:21:38
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铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhaowang522 at 2012-12-18 22:21:38
你能把所有的条带都克隆测序了？不甚清晰的条带、很贴近的条带不好处理呀！ 能教教我PCA分析要用什么类型的数据？是DGGE图谱中条带的存在情况(此位置有条带记为1，无记为0)的数据吗？还是每个样品的多样性指数值？...

很贴近的条带，每个都克隆了，做PCA时用DGGE图谱中条带的存在情况(此位置有条带记为1，无记为0)的数据的数据做成矩阵，用SPSS进行分析，得出几个主份，用第一个主分的值为横坐标，第二个主分的值为纵坐标作图。
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9楼2012-12-19 10:01:46
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