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TloveG

铜虫 (小有名气)

[求助] 两张DGGE图如何做PCA分析

两张DGGE图如何做PCA分析
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1楼 2012-12-01 10:44:35
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zhaowang522

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zhang8826857: 金币+3, 鼓励新虫 2012-12-25 23:27:30
引用回帖:
2楼: Originally posted by TloveG at 2012-12-01 11:01:14
虽然保证两个图的条件尽量一致，但还是会有误差，我想问的是，能不能把两张图的所有条带克隆测序做成系统发育树分析，然后把发育树根据相似度和聚类，分成几个大类，根据每种处理在每个聚类中出现的次数（出现记1， ...

你能把所有的条带都克隆测序了？不甚清晰的条带、很贴近的条带不好处理呀！ 能教教我PCA分析要用什么类型的数据？是DGGE图谱中条带的存在情况(此位置有条带记为1，无记为0)的数据吗？还是每个样品的多样性指数值？
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8楼2012-12-18 22:21:38
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TloveG

铜虫 (小有名气)
虽然保证两个图的条件尽量一致，但还是会有误差，我想问的是，能不能把两张图的所有条带克隆测序做成系统发育树分析，然后把发育树根据相似度和聚类，分成几个大类，根据每种处理在每个聚类中出现的次数（出现记1，不出现0）进行PCA分析。
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2楼2012-12-01 11:01:14
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kingleo99

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励交流 2012-12-01 17:16:06
这个想法是可以试试的。我们一般做DGGE的PCA分析可以是每个样品之间的多样性指数，微生物群落结构来做的PCA,不防你可以试试。
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科学就是发现规律，而规律是上帝创造的，认识独一上帝就是智慧。
3楼2012-12-01 11:25:00
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TloveG

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by TloveG at 2012-12-01 11:01:14
虽然保证两个图的条件尽量一致，但还是会有误差，我想问的是，能不能把两张图的所有条带克隆测序做成系统发育树分析，然后把发育树根据相似度和聚类，分成几个大类，根据每种处理在每个聚类中出现的次数（出现记1， ...

有人这样做过吗
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4楼2012-12-01 14:14:16
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