10楼: Originally posted by mirror3895 at 2012-12-19 12:49:09
单凭DGGE条带位置有无转换呢成二进制数据分析好像不科学吧。我觉得比较科学的方法是要把条带亮度考虑进去，理论上讲，每个条带可以代表一个物种或者OTU，那么条带的亮度就代表这个物种在整个群落结构中的相对丰度， ...

11楼: Originally posted by pangzio at 2012-12-22 13:45:21
亮度不能绝对代表相对丰度...

12楼: Originally posted by mirror3895 at 2012-12-24 16:57:55
那这个问题你是怎么解决的啊？指点一下啦...

13楼: Originally posted by pangzio at 2012-12-25 22:07:01
在有些菌株中核糖体rna不是单一拷贝的，那么如果在所有的片段都在指数增长期的话，可以近似的推断该物种的丰度，最好针对其中的你感兴趣的菌株做个real-time...

14楼: Originally posted by mirror3895 at 2012-12-26 09:38:04
你的意思是通过DGGE条带测序拿到感兴趣的物种信息后，再设计特异性探针做real-time，进一步确定其丰度，是这样吗？...

15楼: Originally posted by pangzio at 2012-12-29 12:02:44
我看的文献当中有些种类的是可以这样做的，其实我也在看这方面的东西。原先跟测序公司的人聊过，做宏基因组测序后，可以通过统计，得到测序物种中各种不同种类的相对丰度。另外T-aflp好像可以得到其相对丰度，但好 ...