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pangzio

铁虫 (小有名气)

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10楼: Originally posted by mirror3895 at 2012-12-19 12:49:09
单凭DGGE条带位置有无转换呢成二进制数据分析好像不科学吧。我觉得比较科学的方法是要把条带亮度考虑进去,理论上讲,每个条带可以代表一个物种或者OTU,那么条带的亮度就代表这个物种在整个群落结构中的相对丰度, ...

亮度不能绝对代表相对丰度
11楼2012-12-22 13:45:21
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mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by pangzio at 2012-12-22 13:45:21
亮度不能绝对代表相对丰度...

那这个问题你是怎么解决的啊?指点一下啦
12楼2012-12-24 16:57:55
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pangzio

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zhang8826857: 金币+3, 鼓励应助 2012-12-25 23:27:46
引用回帖:
12楼: Originally posted by mirror3895 at 2012-12-24 16:57:55
那这个问题你是怎么解决的啊?指点一下啦...

在有些菌株中核糖体rna不是单一拷贝的,那么如果在所有的片段都在指数增长期的话,可以近似的推断该物种的丰度,最好针对其中的你感兴趣的菌株做个real-time
13楼2012-12-25 22:07:01
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mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
13楼: Originally posted by pangzio at 2012-12-25 22:07:01
在有些菌株中核糖体rna不是单一拷贝的,那么如果在所有的片段都在指数增长期的话,可以近似的推断该物种的丰度,最好针对其中的你感兴趣的菌株做个real-time...

你的意思是通过DGGE条带测序拿到感兴趣的物种信息后,再设计特异性探针做real-time,进一步确定其丰度,是这样吗?
14楼2012-12-26 09:38:04
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pangzio

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
14楼: Originally posted by mirror3895 at 2012-12-26 09:38:04
你的意思是通过DGGE条带测序拿到感兴趣的物种信息后,再设计特异性探针做real-time,进一步确定其丰度,是这样吗?...

我看的文献当中有些种类的是可以这样做的,其实我也在看这方面的东西。原先跟测序公司的人聊过,做宏基因组测序后,可以通过统计,得到测序物种中各种不同种类的相对丰度。另外T-aflp好像可以得到其相对丰度,但好像仅靠这个单一方法,你不知道它们的种类是什么。探讨哈,不要拍砖呀。
15楼2012-12-29 12:02:44
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mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
15楼: Originally posted by pangzio at 2012-12-29 12:02:44
我看的文献当中有些种类的是可以这样做的,其实我也在看这方面的东西。原先跟测序公司的人聊过,做宏基因组测序后,可以通过统计,得到测序物种中各种不同种类的相对丰度。另外T-aflp好像可以得到其相对丰度,但好 ...

什么拍砖啊,互相学习嘛
16楼2012-12-29 12:11:00
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