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wpcall

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教杂交探针的选择问题

请教各位,现在有个转基因植物材料,用所转外源目的基因片段做探针的话因转化植物有目的基因的同源基因,二者同源性在65%左右,可以用这个目的基因片段做探针么?是否会把所转植物材料本身基因给杂出来了?
而用KAN抗性基因做探针的话探针GC含量将近60%。
请问选择哪个片段做探针好?用地高辛法进行该实验。
谢谢!
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

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【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
KAN抗性基因做探针比较好,我们之前也一直选用的抗性标记做探针的,GC含量高的话,杂交TM值可做预实验摸索下
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2012-11-22 12:37:12
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song1205

金虫 (正式写手)

不是很清楚,只有懂的人来回答这个问题了!
我来了!你在哪儿!
3楼2012-11-22 12:37:52
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seanzhu1996

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议用KAN探针,同源达到65%的话使用外源基因作为探针会产生噪音,不利于后继的分析,很可能会拿到很多奇怪的结果。虽然KAN的GC含量高,摸索一下条件应该还是能搞定的。
享受每天的生活
4楼2012-11-22 13:28:47
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wpcall

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by seanzhu1996 at 2012-11-22 13:28:47
建议用KAN探针,同源达到65%的话使用外源基因作为探针会产生噪音,不利于后继的分析,很可能会拿到很多奇怪的结果。虽然KAN的GC含量高,摸索一下条件应该还是能搞定的。

谢谢seanzhu1996,我的目的基因设计时是跨内含子区域的,这样转基因的植物材料中即使有同源基因也会包含很大一个内含子区域,而探针中是没有的,这样是否可以一定程度上避免噪音的产生呢?
5楼2012-11-22 15:41:50
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seanzhu1996

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wpcall at 2012-11-22 15:41:50
谢谢seanzhu1996,我的目的基因设计时是跨内含子区域的,这样转基因的植物材料中即使有同源基因也会包含很大一个内含子区域,而探针中是没有的,这样是否可以一定程度上避免噪音的产生呢?...

关键是要看你的探针的大小,以及选择的区域,
享受每天的生活
6楼2012-11-22 19:34:35
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