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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS软件有机分子三维尺寸计算
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long429l

木虫 (小有名气)

[求助] MS软件有机分子三维尺寸计算

在一篇文献中看到可以通过Material Studio软件计算有机分子的三维尺寸
但计算过程写的不太详细，摸索不出来，请教高手指点
如苯分子的三维尺寸为0.341*0. 666*0. 729（单位是纳米）

2012-11-17_224314.png

[ Last edited by long429l on 2012-11-18 at 18:54 ]
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1楼2012-11-17 22:46:27
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chi11366

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by GTF1902 at 2012-11-19 10:02:50
先通过BUild---Crystal---rebulid Crystal 建立一个P1 晶包，也就是没有任何对称性的哪种，然后再晶包里放一个苯分子，构建是的参数设置，就用默认的10埃就好了，然后用DMOL3的最高精度优化，再优化前要在任务设置里 ...

请问一下我怎么样在一个晶胞中放入一个分子呢？是画一个晶胞，再画一个分子，然后把那个分子拉进去吗？麻烦说的详细一点点，要马上做，我软件不是很熟。一时找不到相关教程。
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化工人
4楼2012-11-19 22:39:55
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GTF1902

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-19 13:48:36
long429l: 金币+5, ★有帮助 2012-11-19 21:52:05
先通过BUild---Crystal---rebulid Crystal 建立一个P1 晶包，也就是没有任何对称性的哪种，然后再晶包里放一个苯分子，构建是的参数设置，就用默认的10埃就好了，然后用DMOL3的最高精度优化，再优化前要在任务设置里面勾选上Optimize cell 选项，就可以开始优化了，希望对你有帮助
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2楼2012-11-19 10:02:50
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long429l

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by GTF1902 at 2012-11-19 10:02:50
先通过BUild---Crystal---rebulid Crystal 建立一个P1 晶包，也就是没有任何对称性的哪种，然后再晶包里放一个苯分子，构建是的参数设置，就用默认的10埃就好了，然后用DMOL3的最高精度优化，再优化前要在任务设置里 ...

你好，分子可以构建并优化，现在的问题是这个表示三围尺寸的a、b、c不知道怎么测量？
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3楼2012-11-19 21:54:40
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GTF1902

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-20 22:04:53
long429l: 金币+5, ★有帮助 2012-11-26 14:40:31
要查看尺寸，就点击右键，选择lattice  paramiter就可以了，至于怎样放就随你了，可以先做出苯分子，再通过上面步骤做个立方框，让苯分子在里面就行了，也可以先建立方框，不过这时你没法再画苯分子了，你需要重新建个xsd文件，画出苯分子，然后点击右键远复制，然后你再粘贴到立方框里。不过是不是如上图结果我不敢保证，你优化完以后，再点击右键，选择显示方式，display  stiles(具体单词对不对我不清楚，我在火车上，用的手机)，然后选择CPK选项，然后分子就成胖胖的样子了，希望对你有帮助。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2012-11-20 01:02:25
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