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long429l

木虫 (小有名气)

[求助] MS软件有机分子三维尺寸计算

在一篇文献中看到可以通过Material Studio软件计算有机分子的三维尺寸
但计算过程写的不太详细,摸索不出来,请教高手指点
如苯分子的三维尺寸为0.341*0. 666*0. 729(单位是纳米)

2012-11-17_224314.png

[ Last edited by long429l on 2012-11-18 at 18:54 ]
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GTF1902

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-19 13:48:36
long429l: 金币+5, 有帮助 2012-11-19 21:52:05
先通过BUild---Crystal---rebulid Crystal 建立一个P1 晶包,也就是没有任何对称性的哪种,然后再晶包里放一个苯分子,构建是的参数设置,就用默认的10埃就好了,然后用DMOL3的最高精度优化,再优化前要在任务设置里面勾选上Optimize cell 选项,就可以开始优化了,希望对你有帮助
2楼2012-11-19 10:02:50
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long429l

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by GTF1902 at 2012-11-19 10:02:50
先通过BUild---Crystal---rebulid Crystal 建立一个P1 晶包,也就是没有任何对称性的哪种,然后再晶包里放一个苯分子,构建是的参数设置,就用默认的10埃就好了,然后用DMOL3的最高精度优化,再优化前要在任务设置里 ...

你好,分子可以构建并优化,现在的问题是这个表示三围尺寸的a、b、c不知道怎么测量?
3楼2012-11-19 21:54:40
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chi11366

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by GTF1902 at 2012-11-19 10:02:50
先通过BUild---Crystal---rebulid Crystal 建立一个P1 晶包,也就是没有任何对称性的哪种,然后再晶包里放一个苯分子,构建是的参数设置,就用默认的10埃就好了,然后用DMOL3的最高精度优化,再优化前要在任务设置里 ...

请问一下我怎么样在一个晶胞中放入一个分子呢?是画一个晶胞,再画一个分子,然后把那个分子拉进去吗?麻烦说的详细一点点,要马上做,我软件不是很熟。一时找不到相关教程。
化工人
4楼2012-11-19 22:39:55
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GTF1902

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-20 22:04:53
long429l: 金币+5, 有帮助 2012-11-26 14:40:31
要查看尺寸,就点击右键,选择lattice  paramiter就可以了,至于怎样放就随你了,可以先做出苯分子,再通过上面步骤做个立方框,让苯分子在里面就行了,也可以先建立方框,不过这时你没法再画苯分子了,你需要重新建个xsd文件,画出苯分子,然后点击右键远复制,然后你再粘贴到立方框里。不过是不是如上图结果我不敢保证,你优化完以后,再点击右键,选择显示方式,display  stiles(具体单词对不对我不清楚,我在火车上,用的手机),然后选择CPK选项,然后分子就成胖胖的样子了,希望对你有帮助。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2012-11-20 01:02:25
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GTF1902

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-20 22:05:07
long429l: 金币+5, 有帮助 2012-12-04 08:46:28
对了,忘了告诉你,你知道整个分子怎么移动的吧,全部选中分子后,左手同时按住shift键,以及shift键上面的或下面的键,具体是上是下我记不住了,在火车上也没法操作,你多试几次,右手再点击中间的滑落,是移动分子,点击右键是旋转分子,你要是左手不按键的话,你移动的是整个屏幕,即苯分子加立方框,这样就没法改变他们的相对位置了,你放苯分子时尽量放的对称吧,放到中间,平行于立方框的某个面我觉得可能更好。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
6楼2012-11-20 01:13:02
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by chi11366 at 2012-11-19 22:39:55
请问一下我怎么样在一个晶胞中放入一个分子呢?是画一个晶胞,再画一个分子,然后把那个分子拉进去吗?麻烦说的详细一点点,要马上做,我软件不是很熟。一时找不到相关教程。...

请问下LZ,问题最后解决了没有,我按照这样的方法计算,不行啊。首先优化很慢,我想是不是加了晶胞后优化的结果,另外我用水分子按照这样的方法计算不对,请问楼主最后是怎么做的。
7楼2013-03-05 20:52:13
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ngu0916

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

请问下LZ,分子三维尺寸得到了么?我也遇到同样的问题,需要计算分子三维尺寸,如楼主发的图片那样,我是新手,现在能画出分子并优化,但是按照上述方法没能做出图中的三维尺寸,能详细说下怎么做的吗?非常感谢~
8楼2013-03-28 20:02:27
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benpester

木虫 (正式写手)

楼主会了没?给介绍一下方法啊。我也想画一个分子
9楼2013-05-27 13:26:17
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long429l

木虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by benpester at 2013-05-27 13:26:17
楼主会了没?给介绍一下方法啊。我也想画一个分子

不好意思,没有整出来额……
10楼2013-05-27 13:27:41
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