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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS软件有机分子三维尺寸计算
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long429l

木虫 (小有名气)

[求助] MS软件有机分子三维尺寸计算

在一篇文献中看到可以通过Material Studio软件计算有机分子的三维尺寸
但计算过程写的不太详细，摸索不出来，请教高手指点
如苯分子的三维尺寸为0.341*0. 666*0. 729（单位是纳米）

2012-11-17_224314.png

[ Last edited by long429l on 2012-11-18 at 18:54 ]
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1楼 2012-11-17 22:46:27
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GTF1902

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-19 13:48:36
long429l: 金币+5, ★有帮助 2012-11-19 21:52:05
先通过BUild---Crystal---rebulid Crystal 建立一个P1 晶包，也就是没有任何对称性的哪种，然后再晶包里放一个苯分子，构建是的参数设置，就用默认的10埃就好了，然后用DMOL3的最高精度优化，再优化前要在任务设置里面勾选上Optimize cell 选项，就可以开始优化了，希望对你有帮助
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2楼2012-11-19 10:02:50
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long429l

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by GTF1902 at 2012-11-19 10:02:50
先通过BUild---Crystal---rebulid Crystal 建立一个P1 晶包，也就是没有任何对称性的哪种，然后再晶包里放一个苯分子，构建是的参数设置，就用默认的10埃就好了，然后用DMOL3的最高精度优化，再优化前要在任务设置里 ...

你好，分子可以构建并优化，现在的问题是这个表示三围尺寸的a、b、c不知道怎么测量？
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3楼2012-11-19 21:54:40
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chi11366

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by GTF1902 at 2012-11-19 10:02:50
先通过BUild---Crystal---rebulid Crystal 建立一个P1 晶包，也就是没有任何对称性的哪种，然后再晶包里放一个苯分子，构建是的参数设置，就用默认的10埃就好了，然后用DMOL3的最高精度优化，再优化前要在任务设置里 ...

请问一下我怎么样在一个晶胞中放入一个分子呢？是画一个晶胞，再画一个分子，然后把那个分子拉进去吗？麻烦说的详细一点点，要马上做，我软件不是很熟。一时找不到相关教程。
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化工人
4楼2012-11-19 22:39:55
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GTF1902

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-20 22:04:53
long429l: 金币+5, ★有帮助 2012-11-26 14:40:31
要查看尺寸，就点击右键，选择lattice  paramiter就可以了，至于怎样放就随你了，可以先做出苯分子，再通过上面步骤做个立方框，让苯分子在里面就行了，也可以先建立方框，不过这时你没法再画苯分子了，你需要重新建个xsd文件，画出苯分子，然后点击右键远复制，然后你再粘贴到立方框里。不过是不是如上图结果我不敢保证，你优化完以后，再点击右键，选择显示方式，display  stiles(具体单词对不对我不清楚，我在火车上，用的手机)，然后选择CPK选项，然后分子就成胖胖的样子了，希望对你有帮助。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2012-11-20 01:02:25
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GTF1902

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-20 22:05:07
long429l: 金币+5, ★有帮助 2012-12-04 08:46:28
对了，忘了告诉你，你知道整个分子怎么移动的吧，全部选中分子后，左手同时按住shift键，以及shift键上面的或下面的键，具体是上是下我记不住了，在火车上也没法操作，你多试几次，右手再点击中间的滑落，是移动分子，点击右键是旋转分子，你要是左手不按键的话，你移动的是整个屏幕，即苯分子加立方框，这样就没法改变他们的相对位置了，你放苯分子时尽量放的对称吧，放到中间，平行于立方框的某个面我觉得可能更好。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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6楼2012-11-20 01:13:02
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by chi11366 at 2012-11-19 22:39:55
请问一下我怎么样在一个晶胞中放入一个分子呢？是画一个晶胞，再画一个分子，然后把那个分子拉进去吗？麻烦说的详细一点点，要马上做，我软件不是很熟。一时找不到相关教程。...

请问下LZ，问题最后解决了没有，我按照这样的方法计算，不行啊。首先优化很慢，我想是不是加了晶胞后优化的结果，另外我用水分子按照这样的方法计算不对，请问楼主最后是怎么做的。
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7楼2013-03-05 20:52:13
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ngu0916

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

请问下LZ，分子三维尺寸得到了么？我也遇到同样的问题，需要计算分子三维尺寸，如楼主发的图片那样，我是新手，现在能画出分子并优化，但是按照上述方法没能做出图中的三维尺寸，能详细说下怎么做的吗？非常感谢~
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8楼2013-03-28 20:02:27
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benpester

木虫 (正式写手)
楼主会了没？给介绍一下方法啊。我也想画一个分子
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9楼2013-05-27 13:26:17
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long429l

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by benpester at 2013-05-27 13:26:17
楼主会了没？给介绍一下方法啊。我也想画一个分子

不好意思，没有整出来额……
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10楼2013-05-27 13:27:41
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