24小时热门版块排行榜    

查看: 4159  |  回复: 13

long429l

木虫 (小有名气)

[求助] MS软件有机分子三维尺寸计算

在一篇文献中看到可以通过Material Studio软件计算有机分子的三维尺寸
但计算过程写的不太详细,摸索不出来,请教高手指点
如苯分子的三维尺寸为0.341*0. 666*0. 729(单位是纳米)

2012-11-17_224314.png

[ Last edited by long429l on 2012-11-18 at 18:54 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

数据处理软件 光催化 收藏 Material Studio

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

GTF1902

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-19 13:48:36
long429l: 金币+5, 有帮助 2012-11-19 21:52:05
先通过BUild---Crystal---rebulid Crystal 建立一个P1 晶包,也就是没有任何对称性的哪种,然后再晶包里放一个苯分子,构建是的参数设置,就用默认的10埃就好了,然后用DMOL3的最高精度优化,再优化前要在任务设置里面勾选上Optimize cell 选项,就可以开始优化了,希望对你有帮助
2楼2012-11-19 10:02:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

long429l

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by GTF1902 at 2012-11-19 10:02:50
先通过BUild---Crystal---rebulid Crystal 建立一个P1 晶包,也就是没有任何对称性的哪种,然后再晶包里放一个苯分子,构建是的参数设置,就用默认的10埃就好了,然后用DMOL3的最高精度优化,再优化前要在任务设置里 ...

你好,分子可以构建并优化,现在的问题是这个表示三围尺寸的a、b、c不知道怎么测量?
3楼2012-11-19 21:54:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chi11366

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by GTF1902 at 2012-11-19 10:02:50
先通过BUild---Crystal---rebulid Crystal 建立一个P1 晶包,也就是没有任何对称性的哪种,然后再晶包里放一个苯分子,构建是的参数设置,就用默认的10埃就好了,然后用DMOL3的最高精度优化,再优化前要在任务设置里 ...

请问一下我怎么样在一个晶胞中放入一个分子呢?是画一个晶胞,再画一个分子,然后把那个分子拉进去吗?麻烦说的详细一点点,要马上做,我软件不是很熟。一时找不到相关教程。
化工人
4楼2012-11-19 22:39:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

GTF1902

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-20 22:04:53
long429l: 金币+5, 有帮助 2012-11-26 14:40:31
要查看尺寸,就点击右键,选择lattice  paramiter就可以了,至于怎样放就随你了,可以先做出苯分子,再通过上面步骤做个立方框,让苯分子在里面就行了,也可以先建立方框,不过这时你没法再画苯分子了,你需要重新建个xsd文件,画出苯分子,然后点击右键远复制,然后你再粘贴到立方框里。不过是不是如上图结果我不敢保证,你优化完以后,再点击右键,选择显示方式,display  stiles(具体单词对不对我不清楚,我在火车上,用的手机),然后选择CPK选项,然后分子就成胖胖的样子了,希望对你有帮助。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2012-11-20 01:02:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

GTF1902

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-20 22:05:07
long429l: 金币+5, 有帮助 2012-12-04 08:46:28
对了,忘了告诉你,你知道整个分子怎么移动的吧,全部选中分子后,左手同时按住shift键,以及shift键上面的或下面的键,具体是上是下我记不住了,在火车上也没法操作,你多试几次,右手再点击中间的滑落,是移动分子,点击右键是旋转分子,你要是左手不按键的话,你移动的是整个屏幕,即苯分子加立方框,这样就没法改变他们的相对位置了,你放苯分子时尽量放的对称吧,放到中间,平行于立方框的某个面我觉得可能更好。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
6楼2012-11-20 01:13:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by chi11366 at 2012-11-19 22:39:55
请问一下我怎么样在一个晶胞中放入一个分子呢?是画一个晶胞,再画一个分子,然后把那个分子拉进去吗?麻烦说的详细一点点,要马上做,我软件不是很熟。一时找不到相关教程。...

请问下LZ,问题最后解决了没有,我按照这样的方法计算,不行啊。首先优化很慢,我想是不是加了晶胞后优化的结果,另外我用水分子按照这样的方法计算不对,请问楼主最后是怎么做的。
7楼2013-03-05 20:52:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ngu0916

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

请问下LZ,分子三维尺寸得到了么?我也遇到同样的问题,需要计算分子三维尺寸,如楼主发的图片那样,我是新手,现在能画出分子并优化,但是按照上述方法没能做出图中的三维尺寸,能详细说下怎么做的吗?非常感谢~
8楼2013-03-28 20:02:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

benpester

木虫 (正式写手)

楼主会了没?给介绍一下方法啊。我也想画一个分子
9楼2013-05-27 13:26:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

long429l

木虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by benpester at 2013-05-27 13:26:17
楼主会了没?给介绍一下方法啊。我也想画一个分子

不好意思,没有整出来额……
10楼2013-05-27 13:27:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 long429l 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 考研化学学硕调剂,一志愿985 +3 张vvvv 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:36 by houyaoxu
[考研] 材料专硕306英一数二 +4 z1z2z3879 2026-03-16 4/200 2026-03-16 13:53 by laoshidan
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +6 一鸭鸭哟 2026-03-14 7/350 2026-03-15 22:12 by Winj1e
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 268求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-14 6/300 2026-03-14 22:20 by 运气yunqi
[基金申请] 现在如何回避去年的某一个专家,不知道名字 +3 zk200107 2026-03-12 6/300 2026-03-14 17:13 by zk200107
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:47 by JourneyLucky
[考研] 0856材料与化工309分求调剂 +6 ZyZy…… 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:38 by JourneyLucky
[考研] 271求调剂 +10 生如夏花… 2026-03-11 10/500 2026-03-14 00:35 by 卖报员小雨
[考研] 材料工程,326分,求调剂 +6 KRSLSR 2026-03-10 6/300 2026-03-13 23:47 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 Mochaaaa 2026-03-12 7/350 2026-03-13 22:18 by 星空星月
[考研] (081700)化学工程与技术-298分求调剂 +12 11啦啦啦 2026-03-11 35/1750 2026-03-13 21:25 by JourneyLucky
[考研] 307求调剂 +5 超级伊昂大王 2026-03-12 5/250 2026-03-13 15:56 by 棒棒球手
[考研] 求调剂 +3 程雨杭 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:06 by JourneyLucky
[考研] 材料301分求调剂 +5 Liyouyumairs 2026-03-12 5/250 2026-03-13 14:42 by JourneyLucky
[考研] 26考研求调剂 +5 丶宏Sir 2026-03-13 5/250 2026-03-13 13:05 by JourneyLucky
[考研] 0856化学工程280分求调剂 +4 shenzxsn 2026-03-11 4/200 2026-03-13 11:55 by ymwdoctor
[考研] 321求调剂(食品/专硕) +3 xc321 2026-03-12 6/300 2026-03-13 08:45 by xc321
[考研] 085602化工求调剂 +7 董boxing 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:07 by BruceLiu320
信息提示
请填处理意见