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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 范德华能量分解到小分子的每个原子上
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倩430

铁虫 (小有名气)

[求助] 范德华能量分解到小分子的每个原子上

对于蛋白小分子复合物，我想把二者的范德华能量分解到小分子的每个原子上。请问有应该怎么做。希望好心人帮助
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1楼 2012-11-14 22:05:27
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-15 14:16:33
我自己的理解可以这样来做：计算第i个原子对范德华能量的贡献，就是把i与其他原子的vdw能量加起来再除以2。除以2的原因是重复计算了能量，如果不除的话所有原子的vdw能量的加和是真正vdw能量的两倍。
具体实现的话，需要稍微修改一下代码：在计算vdw能量的循环中加入输出命令。
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2楼2012-11-15 10:43:14
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倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-15 10:43:14
我自己的理解可以这样来做：计算第i个原子对范德华能量的贡献，就是把i与其他原子的vdw能量加起来再除以2。除以2的原因是重复计算了能量，如果不除的话所有原子的vdw能量的加和是真正vdw能量的两倍。
具体实现的话 ...

具体用什么工具可以实现呢。我是用amber跑的md
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3楼2012-11-15 10:58:19
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-11-15 14:16:42
倩430: 金币+10, ★有帮助, 我还以为评分就已经给你了呢。 2012-11-17 09:21:39
引用回帖:
3楼: Originally posted by 倩430 at 2012-11-15 10:58:19
具体用什么工具可以实现呢。我是用amber跑的md...

需要修改amber的代码，然后重新编译运行
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4楼2012-11-15 12:02:39
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倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-15 12:02:39
需要修改amber的代码，然后重新编译运行...

妈呀，这么麻烦呀。话说我是代码啥的，我还不知道啥呢。这可咋整
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5楼2012-11-15 20:39:45
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043114076

木虫 (正式写手)
说了这么多，一点金币都没有，没诚意
闪人
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jiaoyixiong
6楼2012-11-15 21:38:45
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倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-15 21:38:45
说了这么多，一点金币都没有，没诚意
闪人

谢谢啦。已经给你了
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7楼2012-11-17 09:21:52
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-15 10:43:14
我自己的理解可以这样来做：计算第i个原子对范德华能量的贡献，就是把i与其他原子的vdw能量加起来再除以2。除以2的原因是重复计算了能量，如果不除的话所有原子的vdw能量的加和是真正vdw能量的两倍。
具体实现的话 ...

"把i与其他原子的vdw能量加起来"请问这个怎么实现啊？有相关的命令吗？教程没有看到啊。另外，计算某个原子对VDW的贡献有什么意义啊？谢谢。初学动力学，若有理解错误，请见谅
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
8楼2012-11-17 19:44:20
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043114076

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 游子8921 at 2012-11-17 19:44:20
"把i与其他原子的vdw能量加起来"请问这个怎么实现啊？有相关的命令吗？教程没有看到啊。另外，计算某个原子对VDW的贡献有什么意义啊？谢谢。初学动力学，若有理解错误，请见谅...

这个应该没有现成的工具吧。所以需要修改一下程序的源代码
做这个的目的和意义还是问下楼主吧，其实我也是第一次听说有这么分析的
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9楼2012-11-17 22:52:16
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043114076

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 倩430 at 2012-11-17 09:21:52
谢谢啦。已经给你了...

看来是错怪你了。sorry
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10楼2012-11-17 22:53:27
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