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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 范德华能量分解到小分子的每个原子上
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倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 游子8921 at 2012-11-17 19:44:20
"把i与其他原子的vdw能量加起来"请问这个怎么实现啊？有相关的命令吗？教程没有看到啊。另外，计算某个原子对VDW的贡献有什么意义啊？谢谢。初学动力学，若有理解错误，请见谅...

我也是初学，我看到一篇文献是用了这个方法，想试下可是人家用的是gromacs，如果你也用这个软件也可以想04说的那样，试下
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11楼2012-11-18 10:51:46
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
11楼: Originally posted by 倩430 at 2012-11-18 10:51:46
我也是初学，我看到一篇文献是用了这个方法，想试下可是人家用的是gromacs，如果你也用这个软件也可以想04说的那样，试下...

能否把这篇文章发我，谢谢，592930344
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
12楼2012-11-18 19:30:14
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倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-15 12:02:39
需要修改amber的代码，然后重新编译运行...

这个问题我还没有解决。，请问用VMD可以解决吗。望指条明路吧
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13楼2012-12-06 22:55:45
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-15 21:38:45
说了这么多，一点金币都没有，没诚意
闪人

帅哥，别闪，回答的好，金币版主给。哈哈哈
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14楼2012-12-06 23:45:23
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043114076

木虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 倩430 at 2012-12-06 22:55:45
这个问题我还没有解决。，请问用VMD可以解决吗。望指条明路吧...

vmd 应该没有这个功能
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15楼2012-12-07 09:17:50
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倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 043114076 at 2012-12-07 09:17:50
vmd 应该没有这个功能...

那完了，amber编译根本不会。
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16楼2012-12-10 10:29:44
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倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-06 23:45:23
帅哥，别闪，回答的好，金币版主给。哈哈哈...

一般回答我问题的，都给了呢。应该是我忘记了呢。ps版主的头像我人人上用的一样
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17楼2012-12-10 10:32:02
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
17楼: Originally posted by 倩430 at 2012-12-10 10:32:02
一般回答我问题的，都给了呢。应该是我忘记了呢。ps版主的头像我人人上用的一样...

哈哈哈，爱美之心人皆有之
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18楼2012-12-10 10:35:24
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xuxm03

金虫 (小有名气)
vmd有这个功能，NAMDEnergy可以用，最好用命令的，不要用gui的，ok
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19楼2013-01-02 08:29:49
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