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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 范德华能量分解到小分子的每个原子上
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倩430

铁虫 (小有名气)

[求助] 范德华能量分解到小分子的每个原子上

对于蛋白小分子复合物，我想把二者的范德华能量分解到小分子的每个原子上。请问有应该怎么做。希望好心人帮助
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1楼 2012-11-14 22:05:27
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-15 21:38:45
说了这么多，一点金币都没有，没诚意
闪人

帅哥，别闪，回答的好，金币版主给。哈哈哈
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14楼2012-12-06 23:45:23
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-15 14:16:33
我自己的理解可以这样来做：计算第i个原子对范德华能量的贡献，就是把i与其他原子的vdw能量加起来再除以2。除以2的原因是重复计算了能量，如果不除的话所有原子的vdw能量的加和是真正vdw能量的两倍。
具体实现的话，需要稍微修改一下代码：在计算vdw能量的循环中加入输出命令。
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2楼2012-11-15 10:43:14
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倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-15 10:43:14
我自己的理解可以这样来做：计算第i个原子对范德华能量的贡献，就是把i与其他原子的vdw能量加起来再除以2。除以2的原因是重复计算了能量，如果不除的话所有原子的vdw能量的加和是真正vdw能量的两倍。
具体实现的话 ...

具体用什么工具可以实现呢。我是用amber跑的md
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3楼2012-11-15 10:58:19
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-11-15 14:16:42
倩430: 金币+10, ★有帮助, 我还以为评分就已经给你了呢。 2012-11-17 09:21:39
引用回帖:
3楼: Originally posted by 倩430 at 2012-11-15 10:58:19
具体用什么工具可以实现呢。我是用amber跑的md...

需要修改amber的代码，然后重新编译运行
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4楼2012-11-15 12:02:39
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