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倩430

铁虫 (小有名气)

[求助] 范德华能量分解到小分子的每个原子上

对于蛋白小分子复合物,我想把二者的范德华能量分解到小分子的每个原子上。请问有应该怎么做。希望好心人帮助
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043114076

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 游子8921 at 2012-11-17 19:44:20
"把i与其他原子的vdw能量加起来"请问这个怎么实现啊?有相关的命令吗?教程没有看到啊。另外,计算某个原子对VDW的贡献有什么意义啊?谢谢。初学动力学,若有理解错误,请见谅...

这个应该没有现成的工具吧。所以需要修改一下程序的源代码
做这个的目的和意义还是问下楼主吧,其实我也是第一次听说有这么分析的
9楼2012-11-17 22:52:16
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-15 14:16:33
我自己的理解可以这样来做:计算第i个原子对范德华能量的贡献,就是把i与其他原子的vdw能量加起来再除以2。除以2的原因是重复计算了能量,如果不除的话所有原子的vdw能量的加和是真正vdw能量的两倍。
具体实现的话,需要稍微修改一下代码:在计算vdw能量的循环中加入输出命令。
2楼2012-11-15 10:43:14
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倩430

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-15 10:43:14
我自己的理解可以这样来做:计算第i个原子对范德华能量的贡献,就是把i与其他原子的vdw能量加起来再除以2。除以2的原因是重复计算了能量,如果不除的话所有原子的vdw能量的加和是真正vdw能量的两倍。
具体实现的话 ...

具体用什么工具可以实现呢。我是用amber跑的md
3楼2012-11-15 10:58:19
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-11-15 14:16:42
倩430: 金币+10, 有帮助, 我还以为评分就已经给你了呢。 2012-11-17 09:21:39
引用回帖:
3楼: Originally posted by 倩430 at 2012-11-15 10:58:19
具体用什么工具可以实现呢。我是用amber跑的md...

需要修改amber的代码,然后重新编译运行
4楼2012-11-15 12:02:39
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