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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 分子模拟的关于势函数以及初始构型的几个小问题
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zx2456

木虫 (正式写手)

[交流] 分子模拟的关于势函数以及初始构型的几个小问题

1）我说的是经典分子动力学的模拟，本人采用的ME软件，想请教下比如我建模SiO2时，我用晶体结构或者随机加入Si和O离子肯定初始构型就不同了，然后我用同样的势函数以及相同的环境条件，也就是只有初始构型不同。而最后得到的结构却是差距很大，晶体的那个最后仍是基本保持；随机加入的那个则只是近程有序（一般非晶模拟采用此法）。如何理解这样的区别呢？请大家说说
2）MSD可求扩散系数，我做的MSD往往是后面平衡部分斜率基本为0，这代表什么意思，我温度设置是先高温后降温后保持恒温。
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1楼 2012-11-09 19:26:25
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zx2456

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by huai at 2012-11-12 14:00:12
非晶体或玻璃它本身就含有许多亚稳态，这些态能量相当，也是处于平衡态（受力为零），但是结构不一样，这是正常的。楼主所说的结构不同，是通过肉眼观察吗？可以采用径向分布函数之类的来看一下，两个结构之间到底有 ...

是看径向分布的，差距很大，就是说初始构型影响很大，用量子化学的观点来解释我认为就是不同的构型优化时有很多过渡态。我用的是经典分子模拟，感觉也一样适用这个规则。对于非晶模拟都是随机加粒子的，这样才能得到可信的结果。假如按照晶体结构加入，最后平衡时基本还是原来的样子，基本保持晶体结构，感觉就像量子化学上优化结构似的。
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9楼2012-11-12 18:30:36
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huai

木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★
zx2456(金币+1): 谢谢参与
jiaoyixiong: 金币+5, 鼓励交流 2012-11-11 22:19:42
1.初始构型应该离你想研究的状态不远才对。离的太远了，在有限的模拟时间内，看不到最后的平衡态。
2.斜率为零，说明没有扩散。如果是一块完整的晶体，模拟的温度又远低于熔点。那么模拟过程看到是原子的热振动。此时，MSD的斜率是零。
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2楼2012-11-11 17:16:35
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
zx2456(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-12 13:12:47
赞一楼

补充一楼的第一条，在MS 和VMD 中都有SiO2 的晶体模型，你直接从其中的单体建模得到你合适体系的模型，应该就“离你想研究的状态不远”
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3楼2012-11-11 22:21:31
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zx2456

木虫 (正式写手)
我的意思不是想研究晶体的，我知道那里可以建模而且也基本接近完美结构，我的意思主要是按照晶体建模后给一个势函数或者力场最后平衡后确实基本结构还是大致是原来的晶体，可能优化了一下。但是如果我采用随机加入离子，就是不按照晶体坐标加进去，那么还是同样的势函数最后得到的就是非晶的结构。也就是说其他条件都一样的情况下只有初始加入的坐标不同，得到的平衡结构差异很大。
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4楼2012-11-12 11:15:46
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