应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 分子模拟的关于势函数以及初始构型的几个小问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 2670  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zx2456

木虫 (正式写手)

[交流] 分子模拟的关于势函数以及初始构型的几个小问题

1）我说的是经典分子动力学的模拟，本人采用的ME软件，想请教下比如我建模SiO2时，我用晶体结构或者随机加入Si和O离子肯定初始构型就不同了，然后我用同样的势函数以及相同的环境条件，也就是只有初始构型不同。而最后得到的结构却是差距很大，晶体的那个最后仍是基本保持；随机加入的那个则只是近程有序（一般非晶模拟采用此法）。如何理解这样的区别呢？请大家说说
2）MSD可求扩散系数，我做的MSD往往是后面平衡部分斜率基本为0，这代表什么意思，我温度设置是先高温后降温后保持恒温。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-11-09 19:26:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

michal_li

新虫 (小有名气)
★
zx2456(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
11楼: Originally posted by sunep07 at 2015-06-13 19:50:04
楼主，还出没小木虫吗，我最近在模拟玻璃，但是我升温再降温之后还是得不到短程有序，实在调不出来，请楼主指导。首先是用npt之后体积回不到原来预设的值上，二是若改npt为nvt，还是没有短程有序。
variable       ...

我是刚开始研究玻璃，想用分子动力学模拟来做，不知道你用的什么程序，势参数怎么选取的，初始结构是晶体还是单一离子形式？现在一头雾水啊，非常感谢！
赞一下 回复此楼
12楼2015-12-12 20:44:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

huai

木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★
zx2456(金币+1): 谢谢参与
jiaoyixiong: 金币+5, 鼓励交流 2012-11-11 22:19:42
1.初始构型应该离你想研究的状态不远才对。离的太远了，在有限的模拟时间内，看不到最后的平衡态。
2.斜率为零，说明没有扩散。如果是一块完整的晶体，模拟的温度又远低于熔点。那么模拟过程看到是原子的热振动。此时，MSD的斜率是零。
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-11 17:16:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
zx2456(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-12 13:12:47
赞一楼

补充一楼的第一条，在MS 和VMD 中都有SiO2 的晶体模型，你直接从其中的单体建模得到你合适体系的模型，应该就“离你想研究的状态不远”
赞一下 回复此楼
3楼2012-11-11 22:21:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zx2456

木虫 (正式写手)
我的意思不是想研究晶体的，我知道那里可以建模而且也基本接近完美结构，我的意思主要是按照晶体建模后给一个势函数或者力场最后平衡后确实基本结构还是大致是原来的晶体，可能优化了一下。但是如果我采用随机加入离子，就是不按照晶体坐标加进去，那么还是同样的势函数最后得到的就是非晶的结构。也就是说其他条件都一样的情况下只有初始加入的坐标不同，得到的平衡结构差异很大。
赞一下 回复此楼
4楼2012-11-12 11:15:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 080200专业277分，求带走！ +3 瓶子PZ 2026-03-31 3/150 2026-03-31 18:19 by 夜空空哦
[考研] 张芳铭-中国农业大学-环境工程专硕-298 +9 手机用户 2026-03-26 9/450 2026-03-31 18:09 by 544594351
[考研] 考研生物与医药调剂 +6 铁憨憨123425 2026-03-31 6/300 2026-03-31 17:48 by 544594351
[考研] 0703化学 +20 妮妮ninicgb 2026-03-27 20/1000 2026-03-31 13:33 by 无际的草原
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-29 3/150 2026-03-31 10:06 by cal0306
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-31 4/200 2026-03-31 10:04 by cal0306
[考研] 293分求调剂，外语为俄语 +5 加一一九 2026-03-31 5/250 2026-03-31 09:39 by zhshch
[考研] 22408 359分调剂 +4 Qshers 2026-03-27 8/400 2026-03-31 08:53 by Qshers
[考研] 抱歉 +4 田洪有 2026-03-30 4/200 2026-03-30 21:26 by mumin1990
[考研] 295材料工程专硕求调剂 +10 1428151015 2026-03-27 10/500 2026-03-30 19:00 by 源_2020
[考研] 283求调剂（080500） +14 A child 2026-03-27 14/700 2026-03-30 12:06 by 探123
[考研] 311求调剂 +10 lin0039 2026-03-26 10/500 2026-03-30 10:26 by herarysara
[考研] 290求调剂 +3 dfffsar 2026-03-29 3/150 2026-03-29 22:38 by 毛毛毛阿莫2
[考研] 求调剂 +4 QiMing7 2026-03-25 5/250 2026-03-29 21:10 by 唐沐儿
[考研] 求调剂 +6 芦lty 2026-03-25 7/350 2026-03-28 13:13 by 唐沐儿
[考研] 315分求调剂 +7 26考研上岸版26 2026-03-26 7/350 2026-03-28 04:05 by fmesaito
[考研] 一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂 +7 18419759900 2026-03-25 8/400 2026-03-27 16:38 by 18419759900
[考研] 341求调剂 +7 青柠檬1 2026-03-26 7/350 2026-03-27 00:19 by wxiongid
[考研] 各位老师您好：本人初试372分 +5 jj涌77 2026-03-25 6/300 2026-03-25 14:15 by mapenggao
[考研] 347求调剂 +4 L when 2026-03-25 4/200 2026-03-25 13:37 by cocolv
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭