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koalabear8655铁虫 (初入文坛)
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[求助]
NAMD和AMBER在大规模并行下的计算速度问题
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最近想跑一个大蛋白（1000个氨基酸）的动力学，看一个相互作用位点的运动情况。 可选软件有AMBER和NAMD。 可用资源有，1，4个M2090的GPU；2，天津或上海的超算中心。 老板问我哪个更快些，尤其是在超算中心大量CPU的情况下，NAMD比AMBER能快多少。 网上搜的一些信息都是比较早的，AMBER和NAMD多少都有更新，不知道在比较新版本的速度上，两者有多大差距。  拜托拜托，谢谢了。 |
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lujunyan1118
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3楼2012-10-29 20:17:08
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-10-22 13:43:08
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-10-22 13:43:08
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只用过AMBER 去分子模拟论坛看看吧 那边很多这方面的高手 http://www.mdbbs.org/ |
2楼2012-10-22 09:20:42
wally8962
木虫 (著名写手)
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4楼2012-11-07 19:19:15